Trans-activating crRNA
RNA CRISPER Bestandteil
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Trans-activating crRNA (tracrRNA) ist eine RNA, die in Bakterien als Bestandteil des antiviralen adaptiven Immunsystems CRISPR vorkommt und zur CRISPR/Cas-Methode, CRISPRi und CRISPRa verwendet wird.
Eigenschaften
Die tracrRNA wird trans codiert. Sie wurde erstmals 2011 bei Streptococcus pyogenes beschrieben.[1] Die tracrRNA bindet per Basenpaarung an die crRNA und ist Bestandteil des Ribonukleoproteinkomplexes der meisten Cas-Proteine (beispielsweise Cas9, Cas12b). Der RNA-Doppelstrang aus crRNA und tracrRNA wird über einen Schnitt durch die RNase III in die aktive Form überführt und dient dem CRISPR/Cas als Adapter zur Bindung der zu schneidenden Ziel-DNA.[2][3][4] Zur Vereinfachung der Verwendung in einer CRISPR-basierten Methode wie die CRISPR/Cas-Methode, CRISPRi und CRISPRa wird meistens anstatt der beiden RNA (tracrRNA und crRNA) eine sgRNA verwendet.
tracrRNA-Sequenzen
| Typ | Sequenz |
|---|---|
| Streptococcus pyogenes tracrRNA (Cas9) | 5'-GUUGGAACCAUUCAAAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUUUUU-3'[5] |
| Streptococcus pyogenes tracrDNA (Cas9) | 5'-GTTGGAACCATTCAAAACAGCATAGCAAGTTAAAATAAGGCTAGTCCGTTATCAACTTGAAAAAGTGGCACCGAGTCGGTGCTTTTT-3'[6] |
| Staphylococcus aureus tracrRNA (Cas9) | 5'-AUUGUACUUAUACCUAAAAUUACAGAAUCUACUAAAACAAGGCAAAAUGCCGUGUUUAUCUCGUCAACUUGUUGGCGAGAUUUUU-3'[5] |
| Staphylococcus aureus tracrDNA (Cas9) | 5'-ATTGTACTTATACCTAAAATTACAGAATCTACTAAAACAAGGCAAAATGCCGTGTTTATCTCGTCAACTTGTTGGCGAGATTTTT-3' |
| Streptococcus thermophilus tracrRNA | 5'-CUUACACAGUUACUUAAAUCUUGCAGAAGCUACAAAGAUAAGGCUUCAUGCCGAAAUCAACACCCUGUCAUUUUAUGGCAGGGUGUUUU-3'[5] |
| Streptococcus thermophilus tracrDNA | 5'-CTTACACAGTTACTTAAATCTTGCAGAAGCTACAAAGATAAGGCTTCATGCCGAAATCAACACCCTGTCATTTTATGGCAGGGTGTTTT-3' |
| Corynebacterium diphtheriae tracrRNA | 5'-AGUCACUAACUUAAUUAAAUAGAACUGAACCUCAGUAAGCAUUGGCUCGUUUCCAAUGUUGAUUGCUCCGCCGGUGCUCCUUAUUUUUAAGGGCGCCGGCUUUCUU-3'[5] |
| Corynebacterium diphtheriae tracrDNA | 5'-AGTCACTAACTTAATTAAATAGAACTGAACCTCAGTAAGCATTGGCTCGTTTCCAATGTTGATTGCTCCGCCGGTGCTCCTTATTTTTAAGGGCGCCGGCTTTCTT-3' |
| Alicyclobacillus acidoterrestris tracrRNA (Cas12b) | 5'-GUCUAGAGGACAGAAUUUUUCAACGGGUGUGCCAAUGGCCACUUUCCAGGUGGCAAAGCCCGUUGAGCUUCUCAAAAAA-3'[7] |
| Alicyclobacillus acidoterrestris tracrDNA (Cas12b) | 5'-GTCTAGAGGACAGAATTTTTCAACGGGTGTGCCAATGGCCACTTTCCAGGTGGCAAAGCCCGTTGAGCTTCTCAAAAAA-3' |