Su obra enciclopédica Aepitoma Omnis Phylosophiae alias Margarita Phylosophica... quedó terminada en 1496 pero no se imprimió hasta 1503, en Friburgo, y aun tuvo una segunda edición ampliada en Estrasburgo, 1504, que incluye una gramática hebrea por Conrad Pellicanus y nuevos grabados; sin embargo, se reimprimió sin interrupción hasta 1599, sumando en total diez ediciones.
Se trata de la primera enciclopedia impresa que reúne el saber de todas las ciencias (Filosofías) organizado en doce libros.
Al libro primero sobre los rudimentos de la gramática le sigue uno entero dedicado a los principios de lógica. De la retórica se ocupará el libro tercero. Con ello se completa el grupo de saberes básicos que componían el Trivium, conforme a la versión más extendida de las artes liberales. El Quadrivium, las “cuatro vías” o caminos de las ciencias hacia la verdad, son representados por la Aritmética, la Geometría, la Astronomía y la Música.
El libro XI ofrece una clasificación de las ciencias en la que se distingue entre ciencias teóricas y prácticas. A las teóricas pertenecen las ciencias reales (metafísica, matemática, física) y las ciencias racionales (gramática, retórica y lógica). Estas últimas proporcionan medios para estudiar otros campos de conocimiento, teniendo un carácter instrumental.[1] De acuerdo con esta clasificación, la Margarita Philosophica comprende los principios de la Filosofía Racional (libros I-VII) Natural (VIII-X), y Moral (XI-XII) organizados en doce libros:
- Libro I: Gramática
- Libro II: Lógica
- Libro III: Retórica
- Libro IV: Aritmética
- Libro V: Música
- Libro VI: Geometría
- Libro VII: Astronomía
- Libro VIII: Sobre los principios de las cosas naturales (Filosofía natural)
- Libro IX: Sobre el origen de las cosas naturales (Filosofía natural)
- Libro X: Acerca del Alma y sus capacidades.
- Libro XI: Sobre la naturaleza, origen e inmortalidad del alma intelectiva
- Libro XII: Ética (Filosofía Moral)
El contenido de la enciclopedia está expuesto en forma de diálogo entre un profesor y su alumno. La obra incluye tratados sobre música, medicina, astronomía, geometría, cosmografía, historia natural, fisiología, psicología y ética, completándose con numerosas xilografías explicativas y útiles índices. Su finalidad era la de ser un libro de texto práctico para estudiantes de escuelas superiores y su relativa brevedad lo volvió muy popular. De su novedad y actualización da fe el hecho de que incluyera los nuevos descubrimientos geográficos de portugueses y españoles.
Reisch publicó además en 1510 los estatutos y privilegios de la Orden de la Cartuja y ayudó a Erasmo de Róterdam en su edición de la Biblia Vulgata de san Jerónimo.
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