LYRa11 - Wikiwand

Le virus LYRa11 est une souche de coronavirus associé au SRAS (espèce SARSr-CoV), qui a été identifié en 2011 dans des échantillons de chauves-souris Rhinolophus affinis à Baoshan dans le Yunnan en Chine.

Faits en bref Domaine, Ordre ...

LYRa11

Classification
Domaine	Riboviria
Ordre	Nidovirales
Sous-ordre	Cornidovirineae
Famille	Coronaviridae
Sous-famille	Orthocoronavirinae
Genre	Betacoronavirus
Sous-genre	Sarbecovirus
Espèce	SARSr-CoV

forme

Bat SL-CoV LYRa11

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Le génome de cette souche virale a une longueur de 29 805 bases et est à 91 % similaire à la séquence génomique entière du SRAS-CoV, responsable l'épidémie de SRAS^[1].

Le virus LYRa11, comme le SARS-CoV et le SARS-CoV-2, utilise l'ACE2 comme récepteur pour infecter les cellules^[2].

Position phylogénétique

16BO133 (zh), 82.8 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Jeolla du Nord, Corée du Sud^[3]

	Rf1 (zh), 87.8 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Yichang, Hubei^[4]

	HKU3 (zh), 87.9 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus, Hong Kong & Guangdong^[5]

LYRa11, 90.9% to SARS-CoV-1, Rhinolophus affinis, Baoshan, Yunnan^[6]

Rp3 (zh), 92.6 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus pearsoni, Nanning, Guangxi^[4]

	YNLF_31C, 93.5 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Lufeng, Yunnan^[7]

	YNLF_34C, 93.5 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Lufeng, Yunnan^[7]

	SHC014-CoV, 95.4 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus, Kunming, Yunnan^[8]

	WIV1, 95.6 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus, Kunming, Yunnan^[8]

WIV16, 96.0 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus Kunming, Yunnan^[9]

	Civet SARS-CoV (en), 99.8 % / SARS-CoV-1, Paguma larvata, Canton, Chine^[5]

	SARS-CoV-1 (100 %)

SARS-CoV-2, 79 % / SARS-CoV-1^[10]

Animal hôte :
chauve-souris
viverridé
humain

Références

[1]
He B, Zhang Y, Xu L, Yang W, Yang F, Feng Y et al., « Identification of diverse alphacoronaviruses and genomic characterization of a novel severe acute respiratory syndrome-like coronavirus from bats in China. », J Virol, vol. 88, n^o 12,‎ 2014, p. 7070-82 (PMID 24719429, PMCID 4054348, DOI 10.1128/JVI.00631-14, lire en ligne).
[2]
H L Wells, M Letko, G Lasso, B Ssebide, J Nziza, D K Byarugaba, I Navarrete-Macias, E Liang, M Cranfield, B A Han, M W Tingley, M Diuk-Wasser, T Goldstein, C K Johnson, J A K Mazet, K Chandran, V J Munster, K Gilardi et S J Anthony, « The evolutionary history of ACE2 usage within the coronavirus subgenus Sarbecovirus », Virus Evolution,‎ 2021 (ISSN 2057-1577, DOI 10.1093/ve/veab007)
[3]
Kim Y, Son K, Kim YS, Lee SY, Jheong W, Oem JK, « Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. », Virus Genes, vol. 55, n^o 4,‎ 2019, p. 545-549 (PMID 31076983, PMCID 7089380, DOI 10.1007/s11262-019-01668-w, lire en ligne)
[4]
W. Li, « Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses », Science, vol. 310, n^o 5748,‎ 2005, p. 676–679 (ISSN 0036-8075, DOI 10.1126/science.1118391)
[5]
Xing‐Yi Ge, Ben Hu, and Zheng‐Li Shi, Bats and Viruses: A New Frontier of Emerging Infectious Diseases, First Edition., John Wiley & Sons, 2015 (lire en ligne), « BAT CORONAVIRUSES »
[6]
He B, Zhang Y, Xu L, Yang W, Yang F, Feng Y, « Identification of diverse alphacoronaviruses and genomic characterization of a novel severe acute respiratory syndrome-like coronavirus from bats in China. », J Virol, vol. 88, n^o 12,‎ 2014, p. 7070-82 (PMID 24719429, PMCID 4054348, DOI 10.1128/JVI.00631-14, lire en ligne)
[7]
Susanna K. P. Lau, Yun Feng, Honglin Chen, Hayes K. H. Luk, Wei-Hong Yang, Kenneth S. M. Li, Yu-Zhen Zhang, Yi Huang, Zhi-Zhong Song, Wang-Ngai Chow, Rachel Y. Y. Fan, Syed Shakeel Ahmed, Hazel C. Yeung, Carol S. F. Lam, Jian-Piao Cai, Samson S. Y. Wong, Jasper F. W. Chan, Kwok-Yung Yuen, Hai-Lin Zhang, Patrick C. Y. Woo et S. Perlman, « Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination », Journal of Virology, vol. 89, n^o 20,‎ 2015, p. 10532–10547 (ISSN 0022-538X, DOI 10.1128/JVI.01048-15)
[8]
Xing-Yi Ge, Jia-Lu Li et Xing-Lou Yang, « Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor », Nature, vol. 503, n^o 7477,‎ 2013, p. 535–8 (PMID 24172901, PMCID 5389864, DOI 10.1038/nature12711, Bibcode 2013Natur.503..535G)
[9]
Yang XL, Hu B, Wang B, Wang MN, Zhang Q, Zhang W, « Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. », J Virol, vol. 90, n^o 6,‎ 2016, p. 3253-6 (PMID 26719272, PMCID 4810638, DOI 10.1128/JVI.02582-15, lire en ligne)
[10]
Hu Ben, Guo Hua, Zhou Peng et Shi Zheng-Li, « Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19. », Nature Reviews Microbiology, n^o 19,‎ 2020, p. 141-154 (DOI 10.1038/s41579-020-00459-7, lire en ligne)

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