Tout comme les trois précédents jeux de la série Mega Man Battle Network, l'édition japonaise a produit deux versions séparées, Cybeast Gregar et Cybeast Falzar. La principale différence entre les deux versions est que l'on ne rencontre pas les mêmes alliés tout au long de l'histoire, et donc les Navis que l'on peut utiliser diffèrent. Sur le net, il y des batailles entre les Navis et les virus et ces batailles sont appelées Netbattle.
Comme dans tous les jeux de la série, il y a soit des transformations ou soit une fusion (Cross System). Dans cette version c'est une transformation (car les fusions c'est l'union de deux protagonistes).
Il y a un Cybeast par version (Gregar et Falzer). Le beast out est une fusion ultime entre le Cybeast de votre version et Mega Man. De plus, les beast out ont des attaques différentes ainsi que des facultés différentes. Il est également possible de faire fusionner le cross avec un beast (le beast est une fusion très puissante).
