Crabtree avait depuis 1636 une correspondance[1] avec Jeremiah Horrocks (dont le nom est parfois latinisé en Horrox), un autre astronome amateur enthousiaste. Ils appartenaient à un groupe d'astronomes du nord de l'Angleterre, dont faisait aussi partie William Gascoigne, et qui étaient les premiers Britanniques adeptes de l'astronomie de Johannes Kepler. "Nos Keplari" ainsi que le groupe se baptisait lui-même, se distinguaient par le fait qu'ils étaient parmi les premiers à avoir une notion réaliste de la taille du système solaire. Crabtree et Horrocks ont été les seuls astronomes à observer, dessiner, et enregistrer[2] le transit de la planète Vénus devant le Soleil, comme l'avait prédit Horrocks[3], le (calendrier julien), ou le (calendrier Grégorien).
Plaque posée à Lower Broughton Road, Salford, commémorant l'observation du transit de Vénus
Les deux correspondants ont tous deux observé l'évènement depuis leur propre domicile et on pense qu'ils ne se sont jamais rencontrés en personne. Les calculs de Crabtree ont été cruciaux pour Horrocks dans l'estimation qu'il a faite de la taille de Vénus et la distance de la Terre au Soleil. Malheureusement Horrocks est mort prématurément[3] en 1641, la veille du jour où il devait rencontrer Crabtree. Crabtree a fait son testament le , et a été enterré selon ses volontés dans l'église collégiale de Manchester le , tout près de l'endroit où il a reçu son éducation.
L’observation du transit est aujourd’hui considéré par beaucoup comme la naissance de l’astronomie moderne en Grande-Bretagne, et en effet, John Flamsteed a affirmé plus tard que le travail d’Horrocks et de ses collègues a jeté les bases sur lesquelles s’appuie son travail d'Astronome Royal[4].
Transit de Vénus devant le Soleil, en 2004
Horrocks a aussi prédit qu’un passage devait avoir lieu à la date du . Le 9 juin 2004, une plaque commémorative à la mémoire de William Crabtree a été dévoilée à la jonction de Lower Broughton Road et Priory Grove qui marque la limite nord de Crabtree Croft. Une autre plaque commémorative a été dévoilée à quelques mètres de là en décembre 2005, à Ivy Cottage 388-90 Lower Broughton Road, qui aurait probablement été la maison de Crabtree et de sa famille à l'époque où il collaborait avec Horrocks.
(en) Allan Chapman, «Jeremiah Horrocks, William Crabtree, and the Lancashire observations of the transit of Venus of 1639», Transits of Venus: new views of the solar system and galaxy: proceedings of the 196th Colloquium of the International Astronomical Union held in Preston, Lancashire, United Kingdom: 7–11 June 2004, Union astronomique internationale, vol.196, (lire en ligne).