同属のオモダカと類似するが、アギナシは走出枝をつくらず、根元に粒状の塊茎を多数形成する一方で、オモダカは走出枝をだし、その先に塊茎をつける[3]。また、アギナシは、ふつう花茎は葉より高く伸長する。そのほか、オモダカでは矢じり形となる葉の側裂片の先が鋭くとがるのに対して、アギナシでは側裂片の先が微細な円頭となるという特徴もある[3]。
しかし葉の形態には変異が大きく決め手とはなりがたい。また、アギナシは「顎無し」の名の通り、矢じり型でないヘラ状の葉をつけることも多いが、同様の葉はオモダカでも見られるため、ヘラ状の葉の有無では区別できない。