透明で大きく色の美しいものは宝石となるが、そのようなものはめったに採ることができないため、小さなものが様々なアクセサリー用に加工されている。天然に数多く産出されるため一般に値段は安いが、硬度が小さいため、宝飾品としてはあまり適さない。ただ、美しい輝きをしているため、鉱物標本としては人気が高い。
燐灰石の用途として重要なのは、化学肥料(リン酸塩)の原料である。また、産業用の化学製品の原料にもされる。
水酸燐灰石は歯や骨の主成分であり[4]、歯科医療でのデンタルインプラントの原料、歯磨剤の原料、人工骨の原料としても使用されている。