- 大和国
- 宇智郡 - 63村(五條代官所35村、旗本領32村)
- 吉野郡のうち - 239村(五條代官所224村、旗本領16村)
- 紀伊国
- 那賀郡のうち - 84村(高野山領)
- 伊都郡のうち - 74村(高野山領)
- 河内国
- 石川郡のうち - 31村(幕府領19村、旗本領12村)
- 錦部郡のうち - 11村(五條代官所1村、旗本領8村、寺社領2村)
以上のほか、「旧高旧領取調帳」では大和国葛上郡のうち29村(五條代官所)、宇陀郡のうち35村(五條代官所)を五條県管轄として記載しているが、明治3年11月の「五條御支配所高附帳」(与熊文朗氏文書)や明治4年11月の「社事ニ関スル官省伺上申藩県往復ノ件 五條県」(奈良県立図書館所蔵)では五條県管轄として大和国宇智郡・吉野郡、紀伊国那珂郡・伊都郡、河内国石川郡・錦部郡の6郡を記述するのみで、大和国葛上郡・宇陀郡の記述を欠いており、大和国葛上郡・宇陀郡の五條県管轄所に関しては「旧高旧領取調帳」の誤記と考えられる[1]。なお相給が存在するため、村数の合計は一致しない。