Erste internationale Erfahrungen sammelte Emmanuel Kubi im Jahr 2008, als er bei den Juniorenweltmeisterschaften in Bydgoszcz mit 22,04 s in der ersten Runde im 200-Meter-Lauf ausschied. 2010 schied er bei den Afrikameisterschaften in Nairobi mit 21,51 s im Halbfinale über 200 Meter aus und gewann mit der ghanaischen 4-mal-100-Meter-Staffel in 39,31 s gemeinsam mit Nana Kofi Sanah, Godwin Hukporti und Aziz Zakari die Bronzemedaille hinter den Teams aus Südafrika und Nigeria. Anschließend schied er bei den Commonwealth Games in Neu-Delhi mit 10,47 s im Viertelfinale im 100-Meter-Lauf aus und verpasste mit der Staffel den Finaleinzug. Im Jahr darauf schied er mit der Staffel bei den Weltmeisterschaften in Daegu mit 39,17 s im Vorlauf aus und anschließend schied er bei den Afrikaspielen in Maputo 10,37 s im Semifinale über 100 Meter aus. Zudem gewann er mit der Staffel in 38,95 s gemeinsam mit Aziz Zakari, Ashhad Agyapong und Tim Abeyie die Silbermedaille hinter dem nigerianischen Team. 2012 gewann er mit der Staffel bei den Afrikameisterschaften in Porto-Novo in 3940 s gemeinsam mit Tim Abeyie, Ashhad Agyapong und Allah Laryea-Akrong die Bronzemedaille hinter den Teams aus Südafrika und Nigeria. Im Jahr darauf schied er bei der Sommer-Universiade in Kasan mit 10,62 s im Viertelfinale über 100 Meter aus und schied über 200 Meter mit 21,17 s im Halbfinale auf, während er mit der Staffel mit 41,59 s den Finaleinzug verpasste. 2015 schied er bei den Studentenweltspielen in Gwangju mit 10,60 s und 21,35 s jeweils im Viertelfinale über 100 und 200 Meter aus und schied mit der Staffel mit 39,99 s im Vorlauf aus. 2017 beendete er seine aktive sportliche Karriere im Alter von 28 Jahren.