Recombinase Polymerase Amplification
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Die Recombinase Polymerase Amplification (RPA, engl. für ‚Rekombinase-Polymerase-Amplifikation‘) ist eine Methode zur Amplifikation (Vervielfältigung) von DNA. Sie ist eine Variante der isothermalen DNA-Amplifikation.[1]
Eigenschaften
Die Recombinase Polymerase Amplification verwendet eine Rekombinase, ein Einzelstrang-bindendes Protein und eine strangversetzende DNA-Polymerase.[2] Die Rekombinase verstärkt die Bindung eines Primers mit einer Länge von 30 bis 38 Nukleotiden. Durch die Verwendung einer strangversetzenden DNA-Polymerase kann die Reaktion bei einer konstanten Temperatur von 37 bis 42 °C erfolgen, bei Raumtemperatur verläuft die Reaktion etwas langsamer.[3] Die Reaktion läuft auch ohne Geräte durch Aufbewahrung des Reaktionsgefäßes in der Achsel.[4] Analog zur RT-PCR kann durch Zusatz einer reversen Transkriptase eine reverse Transkription durchgeführt werden.[5][6] Analog zur qPCR kann die entstehende DNA quantifiziert werden.[7] Analog zur Multiplex-PCR können mehrere DNA-Sequenzen parallel amplifiziert werden.[8]
Alternative Methoden zur Amplifikation von DNA sind z. B. die Polymerasekettenreaktion, die multidisplacement Amplification, die isothermal Assembly, die Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP), nucleic acid sequence-based amplification (NASBA), die Helicase-dependent Amplification (HDA), die Nicking Enzyme Amplification Reaction (NEAR), die rolling circle replication (RCA).[9] Weitere Nachweisverfahren sind z. B. die nicking endonuclease signal amplification (NESA) und nicking endonuclease assisted nanoparticle activation (NENNA), exonuclease-aided target recycling, junction or Y-probes, split DNAZyme und deoxyribozyme amplification (diese beiden letzteren Methoden nutzen DNAzyme alias Desoxyribozyme), nicht-kovalente DNA-Katalysen und die hybridization chain reaction (HCR).[10]