Al igual que muchas empresas aéreas que sobrevuelan las Líneas de Nazca, Aero Ica ha protagonizado diversos aterrizajes de emergencia en la Panamericana Sur.
Tuvo un accidente el 5 de marzo de 2008 cuando una de sus avionetas se estrelló en la localidad peruana de Vista Alegre (Nazca) en Nazca, Perú. La avioneta estaba realizando la aproximación final al Aeródromo de Nazca cuando su único motor falló y chocó con el muro de una vivienda colindante al aeropuerto. Cinco turistas franceses fallecieron, mientras que el piloto se salvó de morir.
Luego de este accidente cambia de nombre a Nazca Airlines y en 2010 tiene un accidente con 7 víctimas fatales (3 chilenos y 4 peruanos). Por estos hechos, su gerente general Franklin Horler Altamirano está siendo investigado penalmente por la justicia peruana. En dicha investigación se le atribuye la comisión del delito de homicidio doloso en su modalidad eventual.
