Al igual que todos los videojuegos de Captain Tsubasa nos ofrece una realidad alterna o una continuidad con los hechos relacionados solo en los videojuegos, en esta versión del aparecen todos los personajes del anime y nuevos personajes que solo aparecen en el manga, la historia se desarrollara paralelamente con el devenir de los jugadores de la selección Japón en diversas ligas del mundo, por lo cual se puede manejar algunos jugadores no japoneses y que en los anteriores entregas fungieron de antagonistas.
Sao Paulo: Tsubasa Ozora, Dotoru, Amaral (Defensas de Brasil), Babington y Gil (Argentina).
Champ Elysses: Taro Misaki y Louis Napoleón.
Mexico City: Kojiro Hyuga y Ken Wakashimazu.
Yorkshire: Hikaru Matsuyama.
Hamburgo: Genzo Wakabayashi.- JPN
Japón: Tsubasa Ozora, Taro Misaki, Kojiro Hyuga, Ken Wakashimazu, Hikaru Matsuyama, Genzo Wakabayashi.
Corinthians (Brasil): 2 figuras importantes, el MF. Riberio y el FW. Argentino Satrustegui. (Nivel 1)
Monmartru (Francia): 1 figura importante, el MF. alemán Franz Schester con su jugada especial "Spiral Cut". (Nivel 3)
Monterrey (México): 1 figura importante, el FW. alemán Theodor Kappellomann con su "Side Wind Shoot". (Nivel 8)- Grêmio (Brasil): 2 figuras importantes, GK Claodio Meao y el FW. uruguayo Da Silva. (Nivel 10)
Manchester United (Inglaterra): 1 figura importante, el MF. alemán Hermann Kaltz con su "Harinezumi Dribble". (Nivel 13)
Bayern de Múnich (Alemania): 1 figura importante, el FW. alemán Karl Heinz Schneider con su "Fire Shoot". (Nivel 18)
Flamengo: La final de la copa de Río. El FW. Carlos Santana con sus "Bunshin Dribble", sus "Overheadkick" y su "Mirage Shoot". Acompañados del MF. Santamaria con su "Banana shoot" y el DF. Jetorio con su "Drive shoot". (Nivel 21)
En la mitad del juego, donde el equipo japonés se empieza a formar, surgen nuevos rivales y vuelven otros conocidos de CT2, aparecerán y separaran varios integrantes del equipo japonés, en esta etapa los partidos son amistosos pero no se puede perder en ninguno. Inicialmente el capitán de equipo es el recién llegado Hikaru Matsuyama acompañado de Nitta y Misugi, durante el partido contra Francia regresa Taro Misaki, en el tercer juego aparecerán Kojiro Hyuga y el arquero Ken Wakashimazu, contra Uruguay se incorpora Tsubasa y durante las eliminatorias asiáticas Kojiro Hyuga se va para aprender un nuevo tiro.
- NED
Países Bajos: Dos buenos jugadores, el FW. Isurasu Y DF. Libuta, además de un regular GK. (Nivel 21)
- FRA
Francia: Viene sin sus estrellas sólo están Bitto Bossi y el arquero Lendis Amoro. (Nivel 27)
- USA
Estados Unidos: 1 figura Mihael, tiene una dribleada especial el Rose Dancer Dribble. (Nivel 29)
- URU
Uruguay: 2 figuras importantes, Sobresalen los FW. Da Silva y el excelente Ramon Victorino. (Nivel 33)
- BEL
Bélgica: El primer gran arquero que aparece frente a la selección japonesa (en el juego) su nombre es Ramcane y tiene su Shadow Shield Catch. (Nivel 41)
- KOR
Corea del Sur: 2 figuras MF Kim y el FW Cha (parecido a Hyuga). (Nivel 37)
- CHN
China: Último juego antes del mundial juegan los gemelos Lee, su estilo es similar al de los Tachibana, además del arquero Lu. (Nivel 43)
- ENG
Inglaterra: Destaca DF. Steve Robson y el FW. Lorimer. (Nivel 43)
- USA Estados Unidos: Mihael, ahora con su Rose Buster Shoot. (Nivel 44)
- ITA
Italia: GK. Gino Hernández imbatible y acompañado del FW. Rampion (En el segundo tiempo ingresa Hyuga y se facilita un poco). (Nivel 53)
- ARG
Argentina: Los octavos de final. Liderados por su MF. Juan Díaz y FW. Alan Pascal, MF. Babington, el FW. Satrustegui y DF. Galván. (Nivel 54)
- FRA Francia: Los cuartos de final el mediocampista Elle Sid Pierre, y los delanteros Louis Napoleón, Bossi y el arquero Amoro. (Nivel 55)
- BRA
Brasil: Semifinal, grandes jugadores como Carlos Santana, Arthur Antines Coimbra, Toninho, Nei, Elzo Gertize, (Básicamente el mismo de la final de CT2). (Nivel 55)
- GER
Alemania: Final. Toda una historia rodea esta final, antes del partido comentan sobre la tradición del fútbol para Alemania, Alemania tiene al Kaiser, Herman Kaltz, Franz Schester, Theodor Kappellomann, Deuter Muller, Manfred Margus y a Metza. En pleno partido cuando Schneider toque el balón se acordará de todos sus compañeros de equipo, cómo han sido vencidos en sus respectivos equipos (Kaltz, Schester y Kappellomann, etc.), y hará su nuevo disparo, el Neo Fire Shoot, con el que fácilmente anota a Genzo. Al finalizar el medio tiempo Tsubasa siente molestias en su pie, pero ingresara renovado al segundo tiempo. (Nivel 61)
Como todos los juegos de Captain Tsubasa tiene la opción de jugar el partido de las estrellas, aquí se puede escoger a los mejores jugadores entre todos los que aparecen en el juego y a los del equipo japonés. Cada equipo consiste de 13 jugadores y 2 arqueros armando un equipo editado (pues no se puede escoger a ningún país ni club).
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