Estudió en la Universidad de Upsala para posteriormente trabajar como oficinista en Estocolmo. En 1823 abandonó este empleo y en el otoño del año siguiente se trasladó a Adolfsfors-Köla, en el norte de Värmland, donde tenía algunos amigos. Inspirado por Rosseau, pretendía vivir un idilio rural. Allí se casó con Anna Maria Andersdotter Lundström (1799–1868), con quien tuvo dos hijos.
En 1828 se convirtió en profesor de la escuela experimental Nya Elementar en Estocolmo, de la que fue rector entre los años 1829 y 1841.
Almqvist fue ordenado pastor en 1837, sin llegar a ejercer como tal, y tras publicar la novela "Det går an", abandonó por completo tal carrera. Con el fin de mantenerse trabajó para varios periódicos, entre ellos Aftonbladet y Jönköpingsbladet.
En junio de 1851 huyó de Suecia bajo sospecha de fraude y acusado de, según el testimonio de Amanda von Brandt entre otros, varios intentos de envenenamiento con arsénico contra un usurero llamado Johan Jacob von Scheven, con quien tenía una deuda de 18.000 riksdaler. Emigró a los Estados Unidos, país a través del cual viajó bajo el nombre de Lewis Gustawi. En 1854 incurrió en bigamia al casarse con Emma Nugent, de 69 años, propietaria de una casa de huéspedes en Filadelfia. En 1865 trató de regresar a Suecia, pero sólo logró llegar hasta Bremen, donde vivió bajo otra identidad ficticia (profesor E. Westermann). Falleció allí al año siguiente.
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