Hitler emitió por decreto la institución del Protectorado de Bohemia y Moravia. El gobierno del dicho protectorado funcionaba bajo la dirección y vigilancia de los alemanes. La resistencia, que se esforzaba por hacer otra vez realidad la Checoslovaquia libre de antes del pacto, dio la bienvenida a la Segunda Guerra Mundial: sólo una derrota total de Alemania permitiría la liberación del pueblo checo de la ocupación nazi.
En septiembre de 1941 fue nombrado representante imperial en el protectorado en Bohemia Reinhard Heydrich, el cual inmediatamente proclamó el estado de sitio y mandó detener y ejecutar a toda una lista de miembros de la resistencia nacional. Entre los ejecutados estaba por ejemplo el presidente del gobierno del protectorado, el general Alois Eliáš.
El establecimiento del gobierno checoslovaco en el exilio, con su presidente Beneš, fue todavía más difícil por el hecho de que la enajenación de sus derechos, desintegración y finalmente ocupación de Checoslovaquia se había realizado antes del comienzo de la Segunda Guerra Mundial. A pesar de todo, el gobierno checoslovaco consiguió que Francia y Gran Bretaña declararan el acuerdo de Múnich como inválido, pudiendo finalmente restablecer Checoslovaquia como ente de derecho. Después del año 1941, el Partido comunista de Checoslovaquia colaboró cada vez más intensamente con las facciones nacional y extranjera de la resistencia, y ello desde su sede internacional que estaba en Moscú.
En Eslovaquia, que luchaba al lado de los alemanes, la resistencia nacional y democrática y la comunista se unieron, creando un órgano supremo, el Consejo Nacional Eslovaco.
El 29 de agosto de 1944 se desencadenó el llamado Levantamiento eslovaco nacional, cuyos representantes se proclamaron en favor de Checoslovaquia. En los territorios rebeldes se estipularon movilizaciones para el ejército checoslovaco. Después de dos meses, aguantaban la preponderancia alemana. La lucha siguió en las montañas, pero finalmente el levantamiento fue aplastado.
El presidente Beneš, que tenía un papel determinante en la marcha de las relaciones políticas de Checoslovaquia en el extranjero, se dio cuenta de la creciente influencia de la URSS en los acontecimientos de posguerra. Praga se levantaba en mayo de 1945 y el ejército alemán capitulaba ante los rebeldes, con la condición de que se les permitiría la libre y pacífica retirada del territorio. El ejército rojo llegó a Praga el 9 de mayo de 1945, topándose con las últimas escaramuzas de las unidades más fanáticas de los alemanes. La mayoría de Checoslovaquia fue liberada por la Unión Soviética, sólo la parte oeste de Bohemia lo fue por el ejército estadounidense.
