Han transcurrido tres años desde la muerte de Qui-Gon Jinn y los acontecimientos de Naboo. Obi-Wan Kenobi aún es un joven e inexperimentado maestro que no consigue conectar con su independiente, impulsivo y aislado padawan, Anakin Skywalker.
Cuando una Jedi, Vergere, desaparece, Obi-Wan y Anakin son enviados por el Consejo Jedi a Zonama Sekot para buscarla.
Sekot es un mundo que parece formar un solo organismo vivo y que ha sido recientemente descubierto. Investigadores y turistas viajan allí para admirar y estudiar su biosfera y las naves vivas que desarrolla el mundo.
Lo que los Jedi no saben es que Sekot esconde la mayor amenaza que la galaxia ha vivido jamás y también su solución. Mientras los Jedi descubren únicamente que Vergere sabía más acerca de esta trama, ellos se ven invueltos en otra que conducirá a Anakin hacia la personalidad que desarrollará más adelante, tras su primer muerto su inocencia empezará a evaporarse.
