Los miembros en los primeros años de la banda incluyen al guitarrista y compositor Doug Hopkins, el bajista Bill Leen, el vocalista Jesse Valenzuela, el guitarrista Richard Taylor y el baterista Chris McCann. El nombre de la banda proviene de una foto de W.C. Fields en el libro de mala fama de Kenneth Anger, Hollywood Babylon, que llevaba la leyenda de "W.C. Fields con gin blossoms" en referencia a la telangiectasia facial y la rinofima nasal del actor, conocido por el término argol de piel rosácea.
En sus primeros años, los Gin Blossoms se hicieron muy conocidos en su natal Tempe (Arizona). Sus giras frecuentes resultaron en un aumento de popularidad; también grabaron de forma independiente su primer álbum, Dusted, que fue lanzado en 1989.
Los Gin Blossoms llamaron a su primer álbum de estudio New Miserable Experience. En febrero de 1992, mientras todavía trabajaban para completarlo, el miembro fundador y principal guitarrista y compositor Doug Hopkins bebía mucho y creció cada vez más obstinadadamente y desilusionando el proceso, sobre todo después de ser golpeado con un globo de agua durante su actuación de 1992 en Norfolk , Virginia. Ante la perspectiva de ser despedido por A&M, la banda terminó con Hopkins y lo reemplazó con Scott Johnson. El álbum fue terminado y el primer sencillo, "Hey Jealousy", que era la canción de Hopkins, fue lanzado. Se alcanzó el número 25 en el Billboard Hot 100 y N° 4 en el Billboard Mainstream Rock Tracks, alimentando en gran parte el éxito de New Miserable Experience. Sin embargo, el logro se vio ensombrecido por el suicidio de Hopkins el 4 de diciembre de 1993. Al año siguiente, otra canción de Hopkins, "Found Out About You", también alcanzó el número 25 en el Billboard Hot 100 y se subió a N° 1 en el Billboard Modern Rock Tracks.
Entre su primer y segundo álbum, la banda proporcionó el sencillo "Till I Hear It from You" para la banda sonora de Empire Records. Alcanzó el número 9 en el Billboard Hot 100. Su segundo álbum major, Congrulations I'm Sorry, fue lanzado en 1996. Sólo logró obtener un top ten, "Follow You Down", el N° 9 de Billboard Hot 100; el álbum recibió críticas variadas.
Los miembros de Gin Blossoms se separaron en la primavera de 1997, y cada miembro de la banda se trasladó a su propio proyecto. El vocalista Wilson y el baterista Rodas formaron la banda Gas Giants. El bajista Leen formó una banda local llamada Rai y luego se retiró de la música para operar en una tienda de libros raros. El guitarrista Valenzuela lideró un equipo de corta vida llamado Low Watts, lanzó un álbum en solitario, y se mantuvo ocupado escribiendo y produciendo. Wilson se aventuró en la producción, en Mayberry Studios en Tempe, Arizona. (El estudio que ahora se llama Urano Studios.)
La banda se reagrupó y sus miembros comenzaron a tocar juntos de nuevo en 2002, después de haber hecho un par de aislados shows provisionales.
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