El Hospital de Jesús, en la Ciudad de México, fue el primer hospital europeo de Nueva España. Establecido en 1521, después de la conquista, como un proyecto personal. Lo llamó “La Limpia Concepción de Nuestra Señora” y fue atendido por la orden hospitalaria de San Juan de Dios. El establecimiento prestó servicio a multitud de personas, sin distinción entre los españoles, indígenas y castas. Los servicios prestados son incalculables debido a los grandes casos que se presentaban por epidemias o pestes. Su manutención era principalmente por medio de limosnas hasta que en 1547 después del fallecimiento de Cortés, se financió con la renta de sus inmuebles en la Ciudad de México, disposición que estipuló en una cláusula testamentaria de la siguiente maneraː Para los gastos de la obra del dicho hospital señaló especialmente la renta de las tiendas y casas que yo tengo en la dicha Ciudad de México. Este acto acrecentó la obra hospitalaria en la Nueva España. Fue testigo del ejercicio de los médicos Pedro López, Cristóbal de Ojeda y Diego Pedraza, primeros en entrar a México y ejercer.
Posteriormente el hospital fue conocido con el nombre “Hospital del Marqués” y después por el de “Jesús Nazareno.” En la actualidad sigue funcionando. Está ubicado en el Centro histórico de la Ciudad de México, en la esquina que hacen la Avenida Veinte de Noviembre y la calle de San Salvador. Es conocido como “Hospital de Jesús” y en su capilla descansan los restos del conquistador Hernán Cortés.
Fundado entre 1521 y 1524 por el Doctor Pedro López e iniciativa de Hernán Cortes. Fue el primer hospital dedicado a los leprosos sin distinción alguna, inspirado en el amor a Dios. Se estableció en las fronteras de la Ciudad de México, actualmente la delegación Venustiano Carranza, debido a la atención que requerían los enfermos, pero sobre todo para mantenerlos lejos del resto de la sociedad y evitar el contagio. Se encontraba anexo a la ermita de la Tlaxpana, que posteriormente fue cerrado por orden del Oidor Nuño de Guzmán en 1528.
Fundado por Fray Pedro de Gante, en unión de otros franciscanos, dirigido exclusivamente a los indígenas. Funcionó desde 1532 y más tarde pasó a ser conocido como Hospital Real de los Naturales, el cual se consolidó en marzo de 1553, logrando alcanzar una capacidad para atender 400 pacientes indígenas. Debido a que por esa época existía una terrible epidemia de “tepitonzahuatl” o sarampión, fue un espacio abierto para toda persona que lo solicitara brindándoles hospedaje y servicios de salud. Los españoles apoyaban este proyecto con la finalidad de convertirlo en un lugar de investigaciones clínicas, dicho que dio la pauta para la realización de las primeras autopsias y, posteriormente, la creación de la Real Escuela de Cirugía con la vinculación de medicina indígena y europea que fue el inicio para el desarrollo clínico en México. En el siglo XVII tomó el nombre de Hospital Real de Naturales o Indios, estuvo en la esquina de la avenida San Juan de Letrán y Artículo 123.
Fundado por el Ayuntamiento en 1535 fue el primer hospital de Puebla, apenas cuatro años después de la fundación de la ciudad, destinado exclusivamente para mujeres. En el siglo XVII el Gobernador de la Diócesis Juan Palafox y Mendoza lo clausura y funda un colegio de niños.
Fundado en 1541 por el obispo Fray Juan de Zumárraga con la finalidad de atender a los enfermos sifilíticos, principalmente sostenido por la catedral metropolitana donde los diezmos eran destinados para su sostenimiento. Funcionó hasta el siglo XVII hasta su fusión con el Hospital de San Andrés de carácter general.
Fundado por el Obispo Julián Garcés y considerado como uno de los primeros hospitales fuera de la Ciudad de México ubicado en Tlaxcala, su funcionamiento se basaba en el espíritu de la caridad cristiana y fue hasta 1542 después de la muerte del obispo que pasó a ser conocido como Hospital Real de Nuestra Señora de Belem.
En el año de 1567 Fray Bernardino Álvarez fundó en el solar anexo a la Iglesia de San Hipólito, que se encuentra actualmente en la esquina de la Avenida Hidalgo y prolongación del Paseo de la Reforma, que en un principio tenía el propósito de albergar enfermos convalecientes de los Hospitales de la Concepción y del Amor de Dios, pero también recogía menesterosos, enfermos o no, y algunos dementes, por lo cual se considera que esta es la primera institución en América destinada a alojar enfermos mentales. Fray Bernardino Álvarez, con la colaboración de la orden de los Hermanos de la Caridad, se hizo cargo de la atención de estos pacientes.
Fundado en 1582 por la Cofradía del Tránsito de Nuestra Señora, también conocido como Hospital de Nuestra Señora de los Desamparados, atendía a pacientes negros, mulatos y mestizos, que deambulaban por la ciudad. Este hospital fue construido en los terrenos conocidos como la Vieja Alhóndiga. Fue entregado a los Juaninos en 1604.
Fundado en 1584 en Valladolid por iniciativa del obispo Fray Juan de Medina, primero fue dirigido por seglares, después por los agustinos y a partir de 1704 por los Juaninos, cuando el obispo Juan de Ortega y Montañés había cedido a la institución su espléndido palacio. Se llamó entonces Hospital de San José, aun cuando el pueblo lo conocía por San Juan de Dios.
Fundado en 1600 por don Alfonso Rodríguez del Vado y su esposa, Doña Ana de Saldívar, para curar enfermos españoles: hombres y mujeres. Este hospital estuvo situado en las calles de Isabel la Católica, en el sitio que actualmente ocupa el Casino Español.