La Iglesia es del siglo XVII y muestra interiormente una planta de cruz latina (que no sobresale al exterior). Se cubre con bóveda de cañón con lunetos, y una cúpula de estética churrigueresca sobre el antepresbiterio.
En el Altar Mayor se encuentra una imagen del Crucificado de Pablo de Rojas y un San Francisco de Asís de Pedro de Mena; así como cuadros que representan a los Desposorios de la Virgen, la Circuncisión y la Asunción de Juan de Sevilla.
En las capillas laterales pueden verse imágenes de San Pedro de Alcántara, San Diego de Alcalá y un San Juanito de Pedro de Mena.[1]
Las portadas de la iglesia son obra de Luis de Arévalo y la cúpula, de Alfonso Castillo.
En el año 2007, finalizó la limpieza de la fachada del convento de San Antón, pudiéndose descubrir un gran mural que ocupa gran parte de la fachada y que junto a varios elementos arquitectónicos, cuenta con tres imágenes situadas en el centro de la fachada y que pueden corresponderse con las imágenes del altar mayor.[2]
Sobre el arco se ha dibujado un frontispicio en cuyo interior aparece una concha. El vértice superior está rematado por una pequeña cruz. A ambos lados del arco se han incluido un par de columnas de color verde con sus respectivos capiteles.
