Nacido en Southampton, Inglaterra, en 1674, Watts fue criado en la casa de un religioso comprometido disidente; su padre, también Isaac Watts, había sido encarcelado dos veces por sus opiniones. En la escuela del rey Eduardo VI, Watts recibió una educación clásica, aprendió latín, griego y hebreo.
Desde muy temprana edad, Watts parece propenso a la rima. Una vez, respondió cuando se le preguntó por qué tenía los ojos abiertos durante las oraciones:
Un pequeño ratón por falta de escaleras (A little mouse for want of stairs)
corrió por una cuerda para decir sus oraciones. (ran up a rope to say its prayers)
Ya que Watts era inconformista, no pudo asistir a Oxford o Cambridge, que estaban restringidas a los anglicanos, al igual que los cargos del gobierno de la época. Se dirigió a la Academia Disidente en Stoke Newington en 1690. Gran parte del resto de su vida giró en torno a ese pueblo, que ahora es parte del Londres interior.
Después de su educación, Watts fue llamado como pastor de una gran capilla independiente en Londres, donde ayudó a los predicadores en su entrenamiento, a pesar de su mala salud. Isaac Watts tuvo opiniones religiosas que eran más no denominacionales o ecuménicas, que en ese momento eran comunes para un no conformista; tenía un mayor interés en la promoción de la educación y la erudición que predicar para cualquier secta particular.
Tomando un trabajo como tutor privado, Watts vivió con la disidente familia Hartopp en Fleetwood House , en la calle Church en Stoke Newington. A través de ellos comenzó a familiarizarse con sus vecinos inmediatos, Sir Thomas Abney y Lady Mary .
Invitado por una semana a Hertfordshire, Watts, finalmente, vivió por un total de 36 años en el hogar Abney, la mayor parte del tiempo en la casa Abney , su segunda residencia. (Lady Mary había heredado la mansión de Stoke Newington en 1701 de su difunto hermano, Thomas Gunston.)
A la muerte de Sir Thomas Abney en 1722, la viuda Lady Mary y su última hija soltera, Elizabeth, toda su familia se mudó al Abney Hall de Hertfordshire. Ella invitó a Watts para continuar en su hogar. Watts vivió en Abney Hall hasta su muerte en 1748.
Watts disfrutó particularmente los terrenos de Abney Park , que Lady Mary plantó con dos paseos de olmos que conducen a una isla en el Hackney Brook . Watts a menudo buscó inspiración allí para los muchos libros e himnos que escribió.
Watts falleció en Stoke Newington en 1748, y fue sepultado en Bunhill Fields . Dejó una extensa herencia de himnos, tratados, obras educativas y ensayos. Su trabajo fue muy influyente entre los independientes no conformistas y evangelistas religiosos del siglo XVIII, como Philip Doddridge , que dedicó su obra más conocida a Watts.