Contrajo matrimonio en Madrid el 16 de abril de 1477 con Luisa Fajardo y Manrique, II señora de Cartagena y de las villas de Alhama, Murcia, Librilla, Molina de Segura y la Puebla, y de los lugares de Alumbres y Fortuna, heredera de la Casa de los Vélez, por ser hija de Pedro Yáñez Fajardo y Quesada y de Leonor Manrique y Figueroa. Sus capitulaciones matrimoniales, otorgadas de orden de los Reyes Católicos, recogen que su descendencia debería usar el apellido materno en contraposición al paterno, siendo sus hijos:
- Pedro Fajardo y Chacón, I marqués de los Vélez.
- Gonzalo Chacón y Fajardo, II señor de Casarrubios del Monte, Arroyomolinos, Villamanta, El Álamo, Valmojado, el Guijo y otros, alcaide del alcázar y cimborio de Ávila, comendador de Montiel en la Orden de Santiago, paje del príncipe don Juan y contador mayor de su despensa, casado con Francisca Pacheco de Guevara, con sucesión.
- Fernando Chacón y Fajardo, comendador de Aranjuez en la Orden de Santiago, casado con Francisca Barroso de Ribera, señora de Parla y Calabazas e hija de Payo Barroso de Ribera, Mariscal de Castilla, sin sucesión.
- Isabel Fajardo, casada con Rodrigo Manrique de Lara y Acuña, III conde de Paredes de Nava, con sucesión.
- Leonor Chacón y Fajardo, dama de Isabel la Católica, casada con Juan Pacheco y Ladrón de Guevara, II señor de La Puebla de Montalbán, progenitores de los condes de la Puebla de Montalbán.
- Luisa Chacón y Fajardo, fallecida sin sucesión.
- Juan Chacón y Fajardo, fallecido sin sucesión.
- Antonio Chacón y Fajardo, fallecido sin sucesión.
Fallecida su primera mujer, contrajo segundo matrimonio en Lahiguera (Jaén) el 24 de noviembre de 1491 con Inés Manrique, camarera mayor de Isabel la Católica y aya de Felipe II, hija de Pedro Manrique de Lara y Figueroa, II conde de Paredes de Nava, y de Leonor de Acuña. Nacieron de este segundo matrimonio:
- Rodrigo Manrique y Chacón, caballero de la Orden de Santiago.
- Miguel Chacón de Manrique, clérigo al servicio del cardenal Adriano de Utrecht (papa Adriano VI).
- María Inés Chacón de Manrique, casada con Gómez de Benavides y Velasco, Mariscal de Castilla, IV señor de Frómista, San Muñoz y Valdematilla, progenitores de los marqueses de Frómista.
- Francisca Manrique y Chacón, casada con Enrique Enríquez, señor de Cortes, Senés, Castro de Filabres, Orce, Galera, Tahalí, Lucainena y Sierra de Filabres, hermano del III conde de Alba de Liste.
- Margarita Manrique y Chacón, casada con Sancho de Castilla y Mendoza, IV señor de Gor, Bolodui y Herrera, con sucesión.
- Catalina Chacón y Manrique, religiosa en el Real Monasterio de Nuestra Señora de la Consolación de Calabazanos.
- Magdalena de Acuña, que al igual que su hermana, fue religiosa en Nuestra Señora de la Consolación de Calabazanos.