Hijo del general Juan Pardo de Zela Vidal y de Tomasa Urizar Bernales. Su padre, natural de Ferrol, había sido un oficial del ejército rioplatense que invadió el Alto Perú entre 1811 y 1813, siendo capturado por los realistas tras la batalla de Ayohuma y trasladado a Lima, donde se benefició de un canje de prisioneros, enrolándose luego en el Ejército Libertador de José de San Martín, para servir enseguida en el ejército peruano.
En 1862 volvió al servicio, y, junto con el capitán de corbeta Amaro Tizón, viajó en comisión a los Estados Unidos para estudiar el sistema de blindaje de buques. A su retorno comandó el transporte Lerzundi y la goleta Tumbes.
Combate del Callao del 2 de mayo de 1866.
En 1864, ya con el grado de capitán de corbeta, fue enviado a Europa, como parte de la comisión de compra de las corbetas América y Unión. Tomó el mando de la primera de ellas, mientras que el entonces teniente primero Miguel Grau comandaba la segunda. Ambas corbetas, que estaban en Saint Nazaire, Francia, zarparon en diciembre de 1864, rumbo al Perú.
Participó en el Combate del Callao del 2 de mayo de 1866, sirviendo en la batería denominada el Cañón del Pueblo. Poco después reasumió el mando de la corbeta América.