El santuario fue construido en el año 947, para apaciguar el espíritu airado de Sugawara no Michizane.[2] Había sido enviado erróneamente al exilio.[3]
El templo se convirtió en objeto de patrocinio imperial durante los primeros años del periodo Heian.[4]
Los edificios actuales datan de principios del siglo XVII.[5]
- 965 (Kōhō 2): El Emperador Murakami ordenó que se enviasen mensajeros Imperiales para informar de eventos importantes a los guardianes kami de Japón. Estos mensajeros, llamados heihaku, fueron presentados inicialmente a 16 santuarios;[6]
- 986 (Kanna 2): Michizane recibió el título póstumo de Tenjin (Deidad Celestial).
- 991 (Shōryaku 2): El Emperador Ichijō añadió tres santuarios más a la lista de Murakami - incluyendo a Kitano.[7]
- 1444 (Bun'an 1, 4º mes): Kitano Tenman-gū y gran parte del oeste de Kyoto fue destruido por el fuego.[8]
De 1871 a 1946, el Kitano Tenman-gū fue oficialmente designado como uno de los Kanpei-chūsha (官幣中社), lo que significa que se ubicó en la segunda fila de los santuarios apoyados por el gobierno.[9]
