La puntuación LOD se representa por la letra "Z" y se calcula como el logaritmo en base 10 de la razón entre la probabilidad de que los loci se encuentren ligados con una frecuencia de recombinación específica (R), respecto a una no recombinación.
Donde Precomb es la probabilidad de ligamiento con frecuencia de recombinación R y Pindep es la probabilidad de recombinación asumiendo segregación independiente.
Nos interesa conocer el valor de R que maximice a Z.
Para hallar la puntuación lod máxima, se suelen utilizar programas informáticos que calculan de forma directa esta probabilidad. De esta manera se obtienen varios valores según el valor de R y el número de casos estudiados. Los resultados obtenidos en un solo caso no son significativos, y es por ello que se necesitan combinar los resultados de varios estudios. Para ello se suman los Z obtenidos para cada caso analizado, hasta identificar la fracción de recombinación a la que se obtiene un lod score máximo. Gracias a este valor, podrmos identificar si existe o no ligamiento. Normalmente un valor de Z mayor o igual a 3 se considera ligamiento, en el caso de que este tenga un valor menor que -2, podremos afirmar que no existe ligamiento. Pero en el caso de encontrarse entre estos valores, no podremos asegurar ninguna de las dos hipótesis.
