Tras no ser elegido en el Draft de la NBA de 2004, hizo un training camp con los Dallas Mavericks, pero no convenció. Vivió su primera experiencia como profesional en el Sport Lisboa e Benfica (baloncesto) portugués, club con el fichó para la temporada 2004-2005.
Con el conjunto portugués disputó 32 partidos en la Liga Portuguesa de Basquetebol y 10 en la Copa ULEB 2004-05, promediando 8,3 puntos (51,6 % en tiros de 2 y 38,1 % en triples), 2,8 rebotes, 1 asistencia y 1,3 robos de balón en liga, mientras que en Copa ULEB promedió 6,7 puntos y 2,5 rebotes en 22 min.
El 3 de noviembre de 2005, firmó por el JDA Dijon francés hasta el final de la temporada 2005-2006, sustituyendo al alero estadounidense Jerry Williams. Estuvo en el club otros tres años más, hasta 2008.
En su primera temporada (2005-2006), ganó la Copa de baloncesto de Francia al derrotar en la final al Orléans Loiret Basket por 66-58 y fue elegido en el mejor quinteto de rookies de la Pro A. Jugó 27 partidos de liga y 2 de play-offs, promediando 10,6 puntos, 3,6 rebotes, 1,6 asistencias y 1,1 robos de balón en 27 min en liga, mientras que en play-offs promedió 10 puntos, 6 rebotes, 2,5 rebotes y 1 robo de balón en 34 min.
En su segunda temporada (2006-2007), ganó el Match des Champions al derrotar por 70-69 al Le Mans Sarthe Basket y jugó 34 partidos de liga y 12 de FIBA EuroCup. Se convirtió en una de las piezas claves del equipo, promediando en liga 13,8 puntos, 3,9 rebotes, 3,3 asistencias y 1,3 robos de balón en 33,8 min, mientras que en la FIBA EuroCup promedió 15,4 puntos (49,2 % en triples), 4,2 rebotes, 2,6 asistencias y 1,5 robos de balón en 36 min. Terminó en la FIBA EuroCup como el 8º en puntos por partido, el 4.º en % de triples, el 3.º en triples anotados por partido (2,6), el 7º en tiros de campo anotados (5,7) y el 3º en min por partido.
En su tercera y última temporada en Dijon (2007-2008), fue el máximo anotador del equipo y uno de los mejores exteriores de la Pro A. A pesar de que el equipo quedó 9.º y se quedó fuera de los play-offs, N'Doye tuvo unos excelentes números, jugando 30 partidos de liga con un promedio de 16,2 puntos (55,7 % en tiros de 2 y 38,9 % en triples), 4,9 rebotes, 2,2 asistencias y 1 robo de balón en 35,1 min. A final de temporada recibió una mención honorable Pro A por Eurobasket.com.
Disputó un total de 91 partidos de liga con el cuadro de la Borgoña entre las tres temporadas, promediando 13,5 puntos (50,1 % en tiros de 2 y 36,5 % en triples), 4,1 rebotes, 2,3 asistencias y 1,1 robos de balón en 32 min de media.
Formó parte junto con Amara Sy, del roster de los San Antonio Spurs en la NBA Summer League de 2008, pero no jugó ningún partido.
En el verano de 2008, tras la marcha de Nicolas Batum a los Portland Trail Blazers, se fijó en él el Le Mans Sarthe Basket, firmándole un contrato por dos años.
En su primera temporada (2008-2009), ganó la Semaine des As tras derrotar en la final por 74-64 al Orléans Loiret Basket y la Copa de baloncesto de Francia por segunda vez, tras derrotar al SLUC Nancy por 79-65 en la final. Jugó 30 partidos de liga, 5 de play-offs y 10 de Euroliga, promediando 5,8 puntos, 2,8 rebotes y 1,6 asistencias en 21 min en liga, 2,6 puntos, 2,4 rebotes, 1,4 asistencias y 1 robo de balón en 16 min en play-offs y 5,8 puntos y 1,6 rebotes en 21,3 min en la Euroliga 2008-09.
En su segunda temporada (2009-2010), fue subcampeón de la Pro A, tras ser derrotado en la final por el Cholet Basket. Jugó 26 partidos de liga, 6 de play-offs y 12 de Eurocup, promediando en liga 6,8 puntos (55,4 % en tiros de 2), 2,9 rebotes y 1,4 asistencias en 26 min, en play-offs 10,7 puntos (48,1 % en triples), 3,5 rebotes, 1,7 asistencias y 1,7 robos de balón en 28 min y en la Eurocup 2009-10 8,2 puntos (64 % en tiros de 2 y 44,7 % en triples), 2,7 rebotes y 1,6 asistencias en 25 min.
Disputó un total de 56 partidos de liga y 12 de play-offs en las dos temporadas que estuvo en Le Mans, promediando 6,3 puntos (52,4 % en tiros de 2 y 36,2 % en triples), 2,8 rebotes y 1,5 asistencias en 23,5 min de media en liga, mientras que en play-offs promedió 6,6 puntos, 2,9 rebotes, 1,5 asistencias y 1,3 robos de balón en 22 min de media.
En agosto de 2010, fichó por el Orléans Loiret Basket por dos años.
En su primera temporada (2010-2011), jugó 30 partidos de liga y 8 de EuroChallenge, promediando 8,1 puntos (54 % en tiros de 2 y 39,4 % en triples), 2,2 rebotes y 1,2 robos de balón en 23,3 min en liga, mientras que en EuroChallenge promedió 7,9 puntos (62,5 % en tiros de 2 y 41,9 % en triples), 1,9 rebotes y 1,8 asistencias en 21 min.
En su segunda temporada (2011-2012), jugó 30 partidos de liga y 5 de play-offs, promediando 8,7 puntos (51,7 % en tiros de campo con un fabuloso 48,4 % en triples y un 55,3 % en tiros de 2), 2,4 rebotes y 1,2 asistencias en 22 min en liga, mientras que en play-offs promedió 7 puntos, 2,4 rebotes y 1 robo de balón en 23 min. Terminó esa temporada con el mejor % de triples de la liga.
Disputó un total de 60 partidos de liga con el equipo del Loiret entre las dos temporadas, promediando 8,4 puntos (43,9 % en triples), 2,3 rebotes, 1 asistencia y 1 robo de balón en 22,5 min de media.
En el verano de 2012, el Paris-Levallois Basket, anunció su fichaje por dos temporadas con opción a una tercera, ejecutando esa opción en julio de 2013. Renovó para la temporada 2015-2016, siendo desde la temporada 2014-2015 el capitán del equipo.
En su primera temporada (2012-2013), ganó por tercera vez la Copa de baloncesto de Francia, tras derrotar en la final al JSF Nanterre por 77-74. Jugó 29 partidos de liga y 15 de EuroChallenge, siendo derrotados por el Pınar Karşıyaka turco en cuartos de final. En liga promedió 5,2 puntos (40 % en triples) y 2,1 rebotes en 20 min, mientras que en EuroChallenge promedió 6,3 puntos (39,1 % en triples y 100 % en tiros libres) y 2,3 rebotes en 18,7 min.
En su segunda temporada (2013-2014), se alzó por segunda vez con el Match des Champions, al derrotar por 81-72 al JSF Nanterre. Jugó 30 partidos de liga, 3 de play-offs y 10 de Eurocup. En liga promedió 9,5 puntos, 2,7 rebotes y 1 asistencia en 25,5 min de media, en play-offs 3,7 puntos y 3,4 rebotes en 20,3 min y en la Eurocup 2013-14 9,1 puntos (59,5 % en tiros de 2), 2,5 rebotes, 1,1 asistencias y 1,2 robos de balón en 25,4 min.
En su tercera temporada (2014-2015), llegó a los cuartos de final de la Eurocup 2014-15, perdiendo ante el Banvit Basketbol Kulübü turco. Jugó 34 partidos de liga y 20 de Eurocup, promediando 5,7 puntos, 2 rebotes y 1,2 asistencias en 17,6 min en liga y 8,1 puntos (50,8 % en tiros de campo con un 58,3 % en tiros de 2 y un 43,3 % en triples), 1,9 rebotes y 1 asistencia en 17,5 min en la Eurocup 2014-15.
En su cuarta temporada (2015-2016), jugó 34 partidos de liga con un promedio de 6,4 puntos (38,2 % en triples y 73,1 % en tiros libres) y 2,2 rebotes en 19,5 min.
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