La película comienza con una situación de secuestro en Dakota del Sur donde un agente del FBI, Art Jeffries (Bruce Willis), quien está encubierto protegiendo a un joven de 26 años de edad llamado James, intenta conversar con un ladrón de banco llamado Edgar Halstrom (Richard Riehle), para que se rinda. Sin embargo, el operativo de fuerza del FBI mata a los ladrones y al joven James. Jeffries enfrenta a sus superiores, quienes le dicen que se reporte a Washington.
Un código criptográfico llamado "Mercury" fue creado por la Agencia de Seguridad Nacional y, supuestamente, era tan complejo que sus creadores creyeron que ninguna máquina del mundo podría descifrarlo. Originalmente el código fue creado durante la Administración Reagan como una prueba para mantener seguros secretos de la más alta prioridad.
Un día, la agencia recibe un mensaje de un niño de nueve años de edad, un autista llamado Simon Lynch (Miko Hughes), quien llama a un número de teléfono escrito en el código que fue publicado de forma secreta en el crucigrama de una revista por dos de los creadores, Dean Crandell (Robert Stanton) y Leo Pedranski (Bodhi Elfman), para ver si es que alguien podría descifrarlo. El teniente coronel Nicholas Kudrow (Alec Baldwin), quien está a cargo del programa, ve la habilidad del niño para descifrar el código como una flaqueza y en vez de arreglar el problema establece un plan para silenciar a Simon, enviando a un sicario y a su compañero a asesinar al niño y a sus padres.
Tras asesinar a los padres, el asesino, Peter Burrell (Lindsey Lee Ginter), revisa la casa pero no logra encontrar a Simon, y escapa al escuchar las sirenas. Jeffries, quien ha sido degradado tras ser diagnosticado con alucinaciones paranoicas, es enviado a investigar lo que inicialmente se piensa es un homicidio-suicidio de los padres de Simon. Mientras investiga la escena, Jeffries encuentra a Simon escondido en el closet de su habitación y toma al niño bajo su protección.
Simón es llevado a una sala de protección en el hospital, donde Burrell se hace pasar por un médico y hace otro intento por asesinar a Simón. Simón se salva con la oportuna llegada de Jeffries, quien , al conocer a Burrell y deducir su verdadera naturaleza, huye del local con el chico. Más tarde, mientras viajan en tren, otro asesino enviado por Kudro hace otro intento por asesinar al niño, pero después de una lucha despiadada en la parte trasera del vagón, consigue arrojar al asesino a las vías,, donde muere.
Después de pasar por la casa de un amigo del FBI (Chi McBride), toma prestado su coche y se marcha con el menor, buscando dejar pasar el tiempo para que la situación se calme. Al día siguiente fuerza la entrada del domicilio de los padres del chico y entran a la misma. El niño vuelve a mirar la revista y repite la llamada al centro de la NSA, donde le dan a Jeffries una referencia para contactar. Jeffries fuerza un amago de tropiezo para que una joven desconocida, Stacey Siebring, cuide al niño en un bar, mientras él se entrevista con uno de los informáticos (Crandell), al que asesinan antes de que pueda darle demasiada información. Art sigue investigando con las imágenes de vigilancia de una cámara cercana y consigue encontrar el nombre del asesino (Burrell). El otro informático (Pedranski) es asesinado mientras intenta enviar un mensaje mecanografiado para explicar la situación. Cuando su novia y compañera de piso (también de la NSA) lo encuentra tirado en el suelo, recupera el papel autocopiable y rescata el mensaje que intentaba enviar, contactando a Jeffries con el contenido, que incluye la identidad del responsable de los asesinatos (Kudrow) y la motivación (mantener el Mercury y sus fallos por debajo de la línea de visión de sus superiores).
Jeffries se entrevista con Kudrow para conseguir que levante la orden de ejecución sobre el niño, amenazándole con presentar el documento de Pedranski ante el Congreso. Kudrow fuerza la situación (ejerciendo varias influencias) para conseguir llevarse al niño en helicóptero y matarlo discretamente en otro lugar. Jeffries consigue que sus superiores le crean y rescata al niño "in extremis" de las manos de Kudrow justo antes de que caiga del edificio después de dispararle. El asesino Burrell también resulta muerto por el equipo de intervención de situaciones críticas durante el tiroteo.
La última parte de la película nos hace saber que el niño ha sido adoptado por una pareja, y Art lo va a ver al colegio de educación especial en el que se encuentra, abrazándolo cariñosamente y recibiendo la misma respuesta por parte del niño.
3 de abril de 1998 
24 de abril de 1998 
29 de mayo de 1998 
18 de junio de 1998 
25 de junio de 1998 
26 de junio de 1998 
26 de junio de 1998 
26 de junio de 1998 
2 de julio de 1998 
24 de julio de 1998 
29 de julio de 1998 
25 de septiembre de 1998