Noeleen Heyzer fue la primera mujer asiática en ostentar el cargo de Directora Ejecutiva de UNIFEM. Durante su estancia en esta organización, consiguió quintuplicar el presupuesto hasta llegar a los 100 millones de dólares, amplió la presencia de UNIFEM sobre el terreno e introdujo cambios organizativos tendentes a mejorar la eficacia del trabajo de UNIFEM.
Su legado en UNIFEM es extenso: los trabajos de Noeleen Heyzer sirvieron para introducir cambios en las leyes hereditarias de muchos países para conseguir que las mujeres pudiesen heredar tierras y otros recursos. También consiguió establecer políticas y acciones que mejorasen las condiciones de trabajo de las trabajadoras emigradas. Además, durante el mandato de Noeleen Heyzer se consiguió que las mujeres fueran reconocidas como ciudadanas plenas en la Constitución de Afganistán.
Noeleen Heyzer también tuvo un papel muy destacado en la organización de la Cuarta Conferencia Mundial de las Mujeres celebrada en Pequín.
