La Compañía de Jesús contaban con presencia en Sevilla desde 1550. Desde entonces esta orden había fundado en Sevilla dos instituciones: su casa profesa (1554) dedicada a la Anunciación; y el colegio de San Hermenegildo (1580).
En 1568, como consecuencia de la peste, el noviciado mantenido por la Compañía como parte de las instituciones nombradas, se trasladó a Montilla.[2]
Fue en 1599 cuando Juan Fernández de Castro, que era Proveedor general de las cosas de la Guerra, dejó en su testamento sus bienes a la Compañía para la fundación de un noviciado en Sevilla. Esta herencia fue complementada por la viuda de Fernández de Castro, Luisa de Medina que destinó para ello parte de su dote. Tras la compra de unas casas en la colación de la iglesia parroquial de Santa Marina, en 1603 llegaron los primeros novicios. En 1609 Luisa de Medina compró a los Enríquez de Ribera unas casas que constituirían el noviciado.[3]El año siguiente comenzó a funcionar de forma oficial el noviciado.
El templo de noviciado se encontraba dedicado a San Luis, rey de Francia; patrono de Luisa de Medina.[3]
En 1695 se hundió el presbiterio del templo original del noviciado. Este hecho propició el inicio de la construcción de un nuevo templo según diseño de Leonardo de Figueroa, iniciándose las obras en 1699. Estas obras pudieron finalizarse en 1731, gracias en parte a las donaciones del matrimonio formado por Nicolás de Robles y Dionisia de Encinas.
El fin del noviciado se produjo con la expulsión de la Compañía de Jesús en 1767.