Hijo del español Tomás Gutiérrez de Cos y Terán, y de la limeña María Antonia de Saavedra y Seminario, nació en Piura. Cursó sus estudios en el Seminario de San Carlos y San Marcelo de Trujillo (Perú). Allí mismo ejerció la docencia y llegó a ocupar el cargo de vicerrector.[1][2] También obtuvo una capellanía en el coro de la catedral de Trujillo (1771) y fue nombrado examinador sinodal del obispado.[3]
Se trasladó a Lima para estudiar en la Universidad de San Marcos. Se graduó de licenciado y doctor en Cánones en 1781 y se recibió de abogado ante la Real Audiencia de Lima. Se ordenó sacerdote en 1784 y ejerció el curato en dos doctrinas de la arquidiócesis limeña.[1][3] En 1798 logró ingresar al cabildo metropolitano de Lima como medio racionero; ascendió a canónigo doctoral (1803), tesorero (1813), chantre (1814) y provisor y vicario general del arzobispado limeño.[4][3]
A raíz de la muerte del obispo de Huamanga José Silva y Olave en 1816, fue preconizado como su reemplazante en 1817. Fue consagrado por el arzobispo Bartolomé María de las Heras en la catedral de Lima, el 4 de agosto de 1819. De inmediato se dirigió a su diócesis, donde ingresó el día 31, pero poco después regresó a la capital para asistir a la consagración de José Calixto de Orihuela como obispo del Cuzco (9 de julio de 1820). Y estando ya de regreso a su obispado, en Huancayo le sorprendió la noticia de la expedición de Arenales a la sierra. Con él se hallaba el obispo Orihuela y el arzobispo de Charcas, Martín de Villodres, que también regresaban a sus respectivas diócesis. Todos ellos deliberaron sobre lo que debían de hacer, pero no llegaron a ningún acuerdo y cada uno tomó el rumbo que mejor les pareció.[2][4][5]
Gutiérrez de Cos decidió volver a Lima, donde le sorprendió la entrada del Ejército Libertador con José de San Martín a la cabeza. Los patriotas quisieron obligarle a jurar la independencia y a participar en las ceremonias de la proclamación, pero no quiso, ya que temía que los realistas, que todavía dominaban Huamanga, no le permitirían regresar a su obispado. Consideraba que ante todo estaba su deber hacia sus feligreses. Pero era peligroso regresar a Huamanga debido a que los caminos estaban controlados por los montoneros patriotas y era necesario contar con el pasaporte del gobierno. Escribió a San Martín, explicándole la complicada situación que demandaba mucha prudencia. Decía estar dispuesto a reconocer la autoridad del nuevo gobierno en donde estuviera, y que no atentaría contra sus decisiones. Pero San Martín le exigió que jurase la independencia y que al mismo tiempo dirigiese una pastoral a Huamanga para que allí se hiciera lo mismo. Se negó a ello y entonces se le dio el plazo de ocho días para salir del país. En noviembre de 1821 se embarcó en una nave inglesa que lo condujo a Acapulco.[2][1]
De Acapulco pasó a Cuernavaca. El gobierno de Agustín de Iturbide lo acogió y lo propuso como obispo de Puebla de los Ángeles. Pero tras la caída de Iturbide abandonó México. Mientras tanto, el gobierno independiente del Perú dispuso que se le permitiera retornar a la patria con una serie de condiciones, pero ese retorno nunca se concretó.[1]
En 1825 se hallaba en La Habana, en donde asumió como administrador de la diócesis local; ya por entonces la Santa Sede había declarado vacante el obispado de Huamanga. El rey Fernando VII, considerando que se había mantenido leal a la Corona, lo nombró obispo de Puerto Rico y lo condecoró con la Gran Cruz de la Real Orden Americana de Isabel la Católica.[1]
La Santa Sede confirmó su elección. Gutiérrez de Cos tomó posesión de su nueva sede el 18 de julio de 1826, a la que gobernó con la satisfacción de todos sus feligreses, hasta su fallecimiento el 9 de abril de 1833.[3][2] Está sepultado en la Catedral de San Juan Bautista.