En las profundidades de infierno , el señor de los demonios , llamado Sutekh , envía un trío de sirvientes diminutos llamados los Tótems, criaturas mágicamente controladas por sus secuaces del inframundo, para acecinar a los que poseen el secreto de la animación, incluyendo la magia que Andre Toulon utiliza para dar vida a sus títeres. Sutekh descubre que un equipo de investigadores que trabajan en el desarrollo de la inteligencia artificial están a punto de descubrir el secreto de Toulon. Sutekh envía uno de los Tótems como un paquete a dos de los investigadores involucrados, la Dra. Piper y el Dr. Baker, de la División de Phoenix, quienes son tomados por sorpresa, asesinados y despojados de sus almas por la horrible criatura.
Uno de los investigadores, un talentoso joven llamado Rick Myers, trabaja como vigilante nocturno en la Bodega Bay Inn y también ha estado utilizando el lugar para llevar a cabo sus experimentos sobre el proyecto de I.A. (Inteligencia Artificial). La misma noche que los Drs. Piper y Baker son asesinados, los amigos de Rick, Suzie, Lauren, y Cameron vienen a visitarlo. En la cena, Lauren, que es una psíquica, se encuentra a Blade (que había sido descubierto antes por Rick dentro de la casa y todavía estaba animado). Poco después, el grupo halla el antiguo baúl de Toulon, que contiene a los títeres, el diario de Toulon y algunos frascos con la fórmula que dan la vida en su interior. Por curiosidad, Rick y sus amigos utilizan el líquido en los títeres, y uno a uno se despiertan; junto con Blade, cobran vida Six Shooter, Tunneler y Jester. (Torch, quien se había unido a la pandilla de los Puppets en la secuela, no hace ninguna aparición aquí.)
Fascinado por las reacciones espontáneas de los títeres, y convencido de que la fórmula es la respuesta a los proyectos de I.A. (Inteligencia Artificial) en desarrollo, Rick quiere ver lo inteligentes que son jugando a un juego de Láser Tag con Pinhead y Tunneler. Cameron, que está compitiendo con Rick por el éxito profesional, intenta utilizar la fórmula secreta para su beneficio personal, él y Lauren decide utilizar un tablero de juego extraño hallado en el maletero para tratar de ponerse en contacto con Toulon y que les revele su composición exacta (la receta del conjuro no se registraba en el diario). Pero un icono pirámide resplandeciente que se observaba en ese tablero era un conducto entre el mundo mortal y el inframundo; que Sutekh utiliza como enlace y envía a dos de sus tótems a atacarlos. Cameron y Lauren intentan de huir en un coche, pero Cameron es emboscado por uno de los Tótems dentro del vehículo y es asesinado, mientras que Lauren se las arregla como puede para volver al hotel. Cuando Rick va tras Cameron, el Tótem lo ataca también, pero igualmente se las arregla para escapar.
Dentro del hotel, el tercer Tótem, enviado anteriormente en un paquete, también está acechando. Los títeres, tienen la intención de proteger a Rick, buscan en el hotel y pronto se las arreglan para matar a uno de los Tótems en la cocina, y a través de su enlace de supervisión, poder controlar el inframundo. Entonces el espíritu de Toulon, que ha estado apareciendo en el hotel por las noches, les dice a los títeres que animen a Decapitron. Bajo los ojos asombrados den Rick y Suzie, los títeres se mueven a la habitación de Rick, para recuperar una caja que contiene otro títere con una cabeza de plástico blando, y lo reviven con la fórmula y la energía de un rayo. Los dos restantes Tótems atacan para interrumpir el proceso, pero uno se electrocutó cuando Six Shooter usa un cable como un lazo para desviar parte de la energía del rayo en el tótem. Decapitron despierta brevemente, y su cabeza se transforma en la imagen de Toulon, que le explica a Rick el origen y el secreto de la fórmula que da la vida. La ampolla, sin embargo, resulta que está incompleta; e inmediatamente sospechan de Cameron, Rick vuelve a buscar su cuerpo, donde encuentra el frasco.
Mientras tanto, los últimos Tótem arrinconan a Lauren quien está presa del pánico y la preparan para drenar su vida cuando Suzie interfiere y los rocía con ácido. Toulon habla a través de Lauren, instando a Rick para animar a Decapitron y que destruya el Tótem, y Rick utiliza su computadora para desviar la energía de su generador a Decapitron, trayéndolo a la vida. Como el Tótem lo ataca, Decapitron intercambia su cabeza de plástico por un sistema de lanzamiento de electrones destruyendo así a la criatura. Después, Toulon le habla a Rick una vez más, confiándole la custodia de sus marionetas y la fórmula prometiéndole su ayuda en momentos de necesidad. Convirtiéndolo en el nuevo Puppet Master.
