La Scafatese, fundada en 1922 como Unione Sportiva Scafatese, participó inicialmente en campeonatos de Segunda y Tercera División. En 1941 logró por primera vez el ascenso a la Serie C tras vencer al Avellino, disputando dos temporadas antes de la interrupción por la Segunda Guerra Mundial.
Tras la guerra, el equipo fue inscrito en la Serie C 1945-46, donde terminó tercero y ascendió a la Serie B. En la temporada 1946-47 tuvo un destacado cuarto lugar, pero en la siguiente descendió nuevamente a Serie C debido a una reforma de los campeonatos. Poco después, en 1948-49, el club se retiró por problemas financieros.
Entre los años 50 y 70, la Scafatese alternó entre categorías regionales y nacionales, logrando en 1960 el ascenso a la Serie D. En esa época rozó el título amateur italiano, perdiendo una final decidida por sorteo. Durante los años 60 se mantuvo en Serie D, pero descendió a finales de la década. En los años 70 sufrió caídas hasta categorías inferiores, aunque logró volver a la Serie D en 1975-76.
En las décadas de 1980 y 1990 el club atravesó altibajos, incluyendo descensos, problemas económicos y una fusión en 1986 que le permitió reorganizarse. A finales de los 90 regresó a la Serie D, aunque con nuevas dificultades para consolidarse.
En los años 2000, la Scafatese volvió a crecer: en 2007 ascendió a la Serie C2 y logró mantenerse durante varias temporadas. Sin embargo, en 2010, graves problemas económicos obligaron al club a reiniciar desde categorías muy bajas.
En la década de 2010 y comienzos de 2020, el equipo fue reconstruyéndose progresivamente, regresando a la Eccellenza y luego a la Serie D en 2024-2025. Finalmente, en la temporada 2025-2026, la Scafatese ganó su grupo de Serie D con varias jornadas de anticipación y logró el ascenso a la Serie C, regresando al fútbol profesional después de 16 años.