Stuart también es editor freelance y socio de Botfriend, una compañía de empaquetado de cómics. Ha trabajado como editor en St. Martin’s Press, publicando una amplia variedad de libros sobre la ciencia ficción y la cultura popular. Más recientemente, ha trabajado como editor para la línea de cómics de Virgin Comics / SciFi Channel y de la línea Marvel Knights. En DC Comics, Stuart fue editor fundador de la aclamada línea Vertigo, donde ganó el Premio Eisner al mejor editor en 1996 y el Premio Don Thompson al editor favorito en 1999.