La dinámica de juego es igual que en anteriores entregas: Hay que ir abriéndose paso entre los bloques y derrotar a los enemigos mediante el uso de bombas. A diferencia de versiones anteriores en donde se liberan pueblos o se destruyen naves, el modo historia se trata de la liberación de planetas fuera del planeta Bomber, el planeta natal de los Bomberman.
Fue el más innovador de la saga e incorporó gran cantidad de novedades entre las que destacan permitir 5 jugadores simultáneos en el modo batalla, permitir realizar la historia principal (campaña) en modo cooperativo, la selección de personajes para el modo batalla, y el incorporar las monturas o mascotas.
Éstas aparecen en el juego en forma de huevos y poseen una habilidad única en función de su color (además de salvarnos de un primer impacto tras el cual perderemos la mascota). El huevo siempre es del mismo color, por lo que no sabremos que mascota esconde en su interior hasta que lo recojamos.
También se rediseñaron los personajes y escenarios, y es el primer juego con selector de nivel. Si se completa el cuadro mediante exploración, al seleccionarlo, recién se enfrenta al jefe del planeta.
El ganador del modo batalla (sin contar batalla por equipos) tiene acceso a penales, reemplazando a la ruleta del juego anterior.