Nació el 22 de enero de 1741 en San Juan de Ruitelán, en la diócesis de León, hijo de José Antonio de Soto y Valcarce e Isabel de Quiroga y Saavedra. Estudió Artes, Teología y Derecho canónico, licenciándose en esta última materia. Ordenado sacerdote, desempeñó los cargos de fiscal, provisor y vicario general de los obispados de Palencia, Cádiz y Ávila, y fue promovido a la dignidad de maestrescuela en la catedral de Ávila.
Nombrado obispo en julio de 1803, fue preconizado el 26 de septiembre y se consagró en la Real Iglesia de San Isidro de Madrid el 6 de noviembre. Su episcopado coincidió con la invasión francesa de noviembre de 1808, cuando el obispo permaneció firme en su puesto, conteniendo los desmanes de los invasores. En enero de 1809 visitó al emperador Napoleón durante su paso por la ciudad. Trabajó por impedir que las ideas antirreligiosas del ejército invasor arraigasen en su diócesis. En agosto de 1810, tras la expulsión de las órdenes religiosas, trasladó a la catedral la sillería del convento de San Pablo. Falleció el 16 de febrero de 1819 a los 78 años.