Walter Serner nació en el seno de una familia judía bajo el nombre de Walter Eduard Seligman en Karlsbad, Bohemia (entonces parte del imperio austro-húngaro, hoy día en Chequia). En 1913 empezó a estudiar Derecho en Viena. A raíz del inicio de la Primera Guerra Mundial, escapó a Suiza en 1914 y participó, junto a Tristan Tzara y otros en actividades dadá en Zúrich, Ginebra y París hasta 1920. Durante la guerra fue editor de las revistas vanguardistas Sirius y Zeltweg, y colaboró con Die Aktion. En 1921 Serner permaneció algunos meses en Italia con el artista Christian Schad. A inicios de 1923 empezó un periplo que lo llevó a vivir en varias ciudades europeas, como Barcelona, Berna, Viena, Karlsbad y Praga.
Por la época de la publicación del Manual, la censura nacionalsocialista en Alemania empezó a ejercer cada vez más y más presión con el fin de prohibir los textos de Serner. En octubre de 1928, Serner escribió desde Suiza a su amigo Schad:
"Ya sé, mi querido, que usted desea lo mejor para mí. Pero aquí me odian tanto, se trabaja tanto en mi contra, que ya todo me empieza a parecer asqueroso. Y como no soy hombre de agachar la cabeza, creo que me voy a retirar pronto. Por fortuna soy de naturaleza feliz. Por estos días duermo largamente y bien, y fumo incontables cigarrillos…"
Luego desapareció. Se sabe actualmente que se fue a vivir a Praga con su compañera Dorothea Herz. Ambos intentaron abandonar Europa en 1939 y 1940 con dirección a Shanghái, pero sus intentos fracasaron. En 1942 Serner y su esposa fueron deportados al campo de concentración de Theresienstadt, donde murieron en fecha desconocida.
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