La versión de Wario's Woods para Nintendo Entertainment System tiene menos características con respecto a sus homólogos de Super Nintendo y Satellaview, teniendo también menor calidad gráfica que estas versiones. El juego no cuenta con un modo "Vs." como del que dispone la SNES. la banda sonora de esta versión también difiere de las otras versiones.
Otras características diferencian esta versión del resto por su mera ausencia en esta versión. El uso de una bomba para destruir criaturas en más de una dirección, llamado "break-fast" en la versión de SNES, no aparece aquí. Algunos otros pequeños cambios también están presentes, como el hecho de no poder levantar ni mover los diamantes en ningún modo, cosa que en la versión de SNES sí que se puede. La conocida "Piedra Picuda", enemigo en muchos juegos de Mario, aquí se muestra como un simple ladrillo de color amarillo con una cara sobre el mismo.
El único modo de juego es para un jugador y en el cual este tendrá que superar diversas fases una tras otra, teniendo que enfrentarse a un jefe cada 10 fases superadas. Cada jefe tiene una cierta cantidad de corazones que solo puede ser reducida eliminando líneas en las que el propio jefe se encuentra. Una vez derrotado a cada uno de los distintos jefes, el jugador puede avanzar hasta la siguiente fase correspondiente, encontrándose Wario en la última fase y siendo éste el último jefe a derrotar.
Esta versión de Wario's Woods es la única que aparece en el sistema de clasificación por edades de ESRB,[2] recibiendo la clasificación "KA" (Kids to Adults), la cual desde entonces está fuera de uso. Más recientemente esta versión ha aparecido en el videojuego Animal Crossing de Nintendo GameCube y en la Consola Virtual de Wii, manteniéndose fiel al formato original sin haberse realizado cambio alguno en ninguno de ellos. Tras su lanzamiento en la Consola Virtual, la clasificación ha sido actualizada en consecuencia y actualmente figura como "E" (Everyone).
La versión de Wario's Woods para Super Nintendo fue desarrollado en Norteamérica y Europa con unos gráficos muy mejorados y nuevas características de juego. Junto al modo principal de juego en que se va avanzando por las distintas fases, un nuevo modo "Vs. Com" ofrece disputas contra los distintos jefes al mejor de 5 rondas, resultando cada vez más complicado derrotar a los oponentes y siendo Wario el último de todos ellos. El juego premia a los jugadores más avanzados que han derrotado a Wario en el modo principal con una mayor dificultad.
Dos versiones de Wario's Woods fueron realizadas para el sistema Satellaview (BS-X) únicamente en Japón. La primera versión fue emitida una vez entre 1995 y 1996. En ella figuran personalidades con aspecto similar a los del programa de radio japonés Burst of Laughter.[3] El juego fue realizado bajo el nombre de Wario's Woods: Burst of Laughter Version (ワリオの森 爆笑バージョン).
La segunda versión de Wario's Woods en BS-X fue probablemente emitida inicialmente el 26 de abril de 1997,[4] aunque resulta difícil definir una fecha exacta debido a la naturaleza del BS-X. Esta versión fue probablemente emitida nuevamente en octubre de 1997. El título de esta versión es Wario's Woods: Again (ワリオの森 再び, Wario no mori: futatabi) y es muy similar a la que llegó a Super Nintendo a excepción de unas pocas diferencias menores.
En el videojuego Animal Crossing de Nintendo GameCube es posible obtener y jugar a la versión de Wario's Woods que fue realizada inicialmente para NES. Es posible conseguirlo en una isla distante de la ciudad en que se desarrolla la mayor parte del juego o bien simplemente dándole un código secreto al propietario de los almacenes Nook's, Tom Nook.
La versión de Wario's Woods realizada en NES también llegó a la Consola Virtual de Wii, siendo uno de los primeros títulos disponibles en Norteamérica, Australia y Europa. Para poder descargarlo son necesarios 500 Wii Points, siendo una clara emulación de la versión original sin adiciones ni mejoras.