Brasil, 1976. El padre Mahoney es un sacerdote misionero en el Amazonas, y en ocasiones informa a su superior, el padre O'Reilly, quien desaprueba sus planes de salvar a los indígenas de la zona a través de la medicina y el desarrollo. En cambio, se le anima a centrarse en salvar almas. Después de una reunión final y decepcionante con el padre O'Reilly, el padre Mahoney se aventura en canoa en las negras aguas del Amazonas solo para encontrarse con una mujer indígena (Divana Brandão) que vive en la selva, la misma que ha visto antes y que, según él, continúa tentándolo. Conocido en el folclore local como un espíritu seductor que puede transformarse en un delfín de río, el padre Mahoney es vencido por su deseo durante este encuentro en particular y tiene intimidad con la mujer. Antes de irse, le da el crucifijo que lleva alrededor del cuello. A su regreso a la misión ese mismo día, el Padre Mahoney es asesinado por una anaconda, sin saber que la mujer que dejó atrás ahora está embarazada. La mujer cría a su hijo sola en la selva, donde él crece en una existencia idílica, nadando con los delfines de río. Un día, la madre es descubierta por una banda de cazadores que usaban una lancha motorizada, y durante un forcejeo, muere. Liderados por Orlando Santos, el grupo de hombres y su acto asesino son presenciados por el niño en el bosque. Agarran al niño y lo arrojan al río. Al no verlo, dan por sentado que se ha ahogado y se van. Momentos después, los delfines de río acuden a su rescate y lo llevan a la orilla. A los seis años, queda abandonado a su suerte en el bosque.
Con el paso de los años, la historia de un niño salvaje se extiende por los pueblos a orillas del río. Cuando el niño tiene diez años, es capturado y llevado al pueblo. La captura del "niño delfín" llama la atención del padre O'Reilly. Al ver que el niño lleva el crucifijo de Mahoney, se da cuenta de que es hijo de Mahoney. Con gran entusiasmo por la persistencia de una parte de Mahoney, O'Reilly acoge y bautiza al niño, que no habla ni entiende el idioma. O'Reilly lo llama Lázaro y lo ingresa en un orfanato dirigido por monjas. Allí, el niño aprende a hablar y se hace amigo de un niño mayor llamado Segundo. El padre O'Reilly continúa visitando a Lázaro, generalmente llevándolo a tomar un helado y enseñándole valores cristianos, como el perdón, en particular hacia los hombres que asesinaron a su madre.
Los huérfanos son presentados ante un benefactor del orfanato, un exitoso empresario que también es candidato a gobernador de la provincia. Lázaro reconoce al benefactor como Orlando Santos, el hombre que mató a su madre. Lázaro huye del orfanato con la intención de encontrar a Santos y matarlo. Segundo insiste en acompañarlo. El padre O'Reilly se entera de que Lázaro se ha escapado y comienza a buscarlo. Lázaro y Segundo sobreviven lustrando zapatos en las calles mientras buscan a Santos. Eluden por poco al padre O'Reilly en un puesto de helados que había frecuentado con Lázaro. Siguen un vehículo de campaña hasta la casa de Santos, donde se lleva a cabo una recaudación de fondos. Santos está dando un discurso a sus invitados cuando Lázaro, impulsivamente, toma una estaca afilada del jardín y la usa como lanza, lanzándosela a la cabeza de Santos delante de todos sus invitados. Falla por poco. Lázaro logra escapar, pero Segundo es atrapado por el personal de seguridad de Santos. Santos interroga a Segundo y se da cuenta de que Lázaro es el chico de la selva y puede vincularlo con su crimen de hace mucho tiempo.
Santos envía a Segundo a una cantera de su propiedad para que trabaje como peón contratado y como cebo para Lázaro. Efectivamente, Lázaro aparece en la cantera y ayuda a Segundo a escapar. Juntos se adentran en la selva, con la intención de regresar a la casa de la infancia de Lázaro junto al río. Santos los rastrea por la selva. Mientras tanto, el padre O'Reilly viaja por el Amazonas en bote, intuyendo que Lázaro podría regresar a su hogar en el bosque. Lázaro llega a la orilla del río y se reencuentra con su entorno de infancia y con los delfines salvajes. Mientras camina con Segundo por un sendero forestal que conduce a su antiguo hogar, Santos lo alcanza, lo agarra por detrás y lo lleva al río, donde intenta ahogarlo. Pero Lázaro se salva cuando los delfines de río con los que creció atacan a Santos, golpeándolo con sus hocicos y provocando que se ahogue. El padre O'Reilly llega a la escena con un profundo conflicto, pues siente que debería salvar al hombre que se está ahogando frente a él, cuya mano ahora busca ayuda, pero decide no hacer nada sabiendo que acaba de intentar matar a Lázaro. Santos se ahoga lentamente a causa de sus heridas. El padre O'Reilly se reencuentra con Lázaro, pero finalmente lo abandona en el bosque de donde vino. No se sabe qué sucede con Segundo, pero se supone que regresa a la ciudad y deja a su amigo en el bosque. Ahora legendario entre la gente de la comunidad, se dice que a veces se ve a Lázaro aún viviendo en la selva y jugando con los delfines de río, aunque también se cree que puede convertirse en uno.
La película comienza y termina con la narración del padre O'Reilly, mientras se confiesa y busca su propio perdón por dejar morir a un hombre cuando pudo haberlo salvado.
