Le monastère est fondé vers 1040 par Mangold de Werd en tant que couvent bénédictin. Elle est fondée pour honorer un morceau de la croix du Christ que Mangold a ramené de Constantinople lorsqu'il était représentant de l'empereur allemand.
Au début du XIIesiècle, les religieuses sont remplacées par des frères et s'installent à l'ouest de la ville. Après que le bâtiment est endommagé pendant la guerre de Trente Ans, l'abbé Amandus Röls fait reconstruire l'église après la guerre de Succession d'Espagne. À l'époque du rococo, entre 1770 et 1780, l'église est transformée et agrandie à plusieurs reprises.
L'abbaye est sécularisée le . Le dernier abbé est Bernhard Königsdorfer. Les biens meubles et immeubles de l'abbaye sont remis selon le Recès d'Empire au prince d'Oettingen pour compenser la perte de ses biens dans le Palatinat. L'église abbatiale devient une église paroissiale et reste un lieu de pèlerinage. En 1809, Napoléon Ier passe quelques jours dans l'abbaye dissoute et publie le premier ordre du jour de campagne de la guerre de la Cinquième Coalition.
En 1877, le pédagogue Ludwig Auer acquiert les immeubles du monastère et fonde une école. En 1900, on crée la "Pädagogische Stiftung Cassianeum".
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