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L'Abbaye de Berne a été fondé en 1134 par saint Norbert de Xanten dans le petit village de Berne sur la Meuse, aujourd'hui Bern dans la commune de Zaltbommel.
En 1572, pendant la Guerre de Quatre-Vingts Ans et lors de la régence du 38eabbé, le dernier à résider à Berne, l'abbaye fut pillée par les bandes des Gueux de Lumey, qui venaient de prendre la ville de Den Briel, le . Le , l'abbaye fut incendiée et abandonnée.
Depuis 1857, l'abbaye s'est établie à Heeswijk dans le Brabant-Septentrional, au sud-est de Bois-le-Duc. L'abbatiale a été construite en 1879 puis agrandie en 1927 par Hendrik Willem Valk(nl). Cet architecte a également dessiné l'actuelle porte de l'abbaye. Les nouveaux bâtiments d'habitations datent de 1999. En 2006, l'intérieur de l'abbatiale a subi plusieurs grandes modifications.
À partir des années 1960, l'abbaye de Berne fut un centre de contestation et d'innovation. L'abbé Ton Baeten(nl) (abbé de 1982 à 2000) représentait un clergé soutenant des mouvements progressifs tel que le Mouvement du Huit-Mai(nl). Au début du XXIesiècle, l'influence de l'abbaye de Berne au sein de l'église catholique aux Pays-Bas a nettement diminué.