En 1768, Lord Macdonald épouse Elizabeth Diana Bosville, fille aînée de Godfrey Bosville IV de Gunthwaite et de Thorpe Hall, Rudston, tous deux du Yorkshire, et sœur du colonel William Bosville (1745-1813). Ils ont sept fils et trois filles. Lady Macdonald est décédée en 1789. Lord Macdonald lui survit six ans plus tard et meurt en . Son fils Alexander Macdonald, 2e baron Macdonald, lui succède dans ses titres.