Il fait ses études primaires à Oldenzaal et termine ses études supérieures au séminaire de 's-Heerenberg, il est ordonné prêtre le à Oegstgeest. D'abord aumônier dans sa ville natale, il est nommé curé d'Ommerschans (hameau de Ommen) cinq ans plus tard. En 1846 il s'installe à Assen où il reste huit ans puis curé à Zwolle .
Comme archevêque, Schaepman fait campagne pour l'émancipation du catholicisme aux Pays-Bas. Il soutient la création d'écoles catholiques et fonde le à Utrecht les Frères de Notre-Dame du Sacré-Cœur dans ce même but. Il promeut l'art religieux, la musique et l'histoire, même avant sa nomination comme archevêque, il organise la restauration de la cathédrale Sainte-Catherine d'Utrecht dans le style néo-gothique, il le fait en lien avec Gerard van Heukelum (1834-1910), fondateur de la Guilde de Saint-Bernold(nl) dont le but est de promouvoir l'art religieux. Schaepman et Van Heukelum constituent la base de ce qui est aujourd'hui le Musée du couvent Sainte-Catherine à Utrecht. Schaepman participe en partie au concile Vatican I.