Né à Vienne, Andreas Prochaska grandit à Bad Ischl. Il amorce des études en journalisme et en art dramatique à Vienne, mais les interrompt, en 1985, pour travailler comme assistant du réalisateur Paulus Manker. Il exerce bientôt diverses fonctions pour des productions cinématographiques et télévisuelles : concepteur sonore, producteur, monteur et assistant réalisateur. Il a été monteur sur certains films de Michael Haneke, dont Funny Games (1997) et Code inconnu (2000).
Après un premier film intitulé Die 3 Posträuber en 1998, il signe plusieurs réalisations pour la télévision. En 2006 sort Trois jours à vivre (In 3 Tagen bist du tot), son deuxième long métrage. Il alterne ensuite les réalisations télévisuelles et cinématographiques, notamment The Dark Valley (Das finstere Tal), sorti en 2014.