Après des études de germanistique et de philosophie à l'université de Heidelberg, Anja Höfer a fait ses débuts de journaliste au sein de la chaîne de télévision et de radiodiffusion Südwestrundfunk (SWR) société publique de radiodiffusion du Sud de l’Allemagne. Elle y présente sur SWR2 une émission radio-culturelle "Journal" ainsi qu'une émission télévisée intitulée "Wortwechsel" ("Altercation"). On la voit également présenter le jeu télévisé "Ich trage einen großen Namen" ("Je porte un nom célèbre").
Elle est animatrice, en alternance avec Rebecca Manzoni, de l'émission de télévision Metropolis (2010-2011), et avec Vincent Josse de Square (depuis 2012), deux magazines culturels hebdomadaires diffusés sur Arte.