Aurélien Agbénonci naît le à Porto-Novo d'un père fonctionnaire au ministère des finances et d’une mère couturière. Il commence ses études dans sa ville natale avant décrocher le baccalauréat littéraire au Sénégal. Il poursuit ses études en droit.
Il devient titulaire d’un DESS en droit du commerce international de l'université Paris-Nanterre et d'un DESS en sciences du développement institutionnel, de la gouvernance et de l’environnement de l'université Cheikh-Anta-Diop de Dakar, également titulaire d’une maîtrise en droit des affaires de cette même université[3].
Il devient en représentant spécial adjoint du Secrétaire général des Nations unies pour la Mission de stabilisation multidimensionnelle intégrée des Nations unies en République centrafricaine (Minusca)[4]. Il conserve ce poste jusqu’à sa nomination à la tête de la diplomatie béninoise, en .
Il doit gérer en 2019 une crise diplomatique avec le Nigeria lorsque ce pays décide de fermer ses frontières terrestres, dont les 700 km qu'il partage avec le Bénin, et met à terme le commerce entre les deux pays[5]. Il approfondit les relations et la coopération entre le Bénin et Cuba[6].
↑« Le Secrétaire général nomme Aurélien Agbénonci, du Bénin, au poste de Représentant spécial adjoint et Coordonnateur résident pour la République centrafricaine », Nations unies, 25 avril 2014
