Bonifaz Kaspar von Urban est fils de paysans. Il s'agit du premier évêque moderne à ne pas être issu de la noblesse, montrant l'évolution sociale conséquente au siècle des Lumières.
À l'âge de six ans, il entre dans l'école élémentaire des augustiniens de l'abbaye de Beuerberg puis à l'âge de onze ans, dans l'Institut d'études augustiniennes de Munich et en 1790 au lycée Maximilien de Munich(de). Il entre alors dans l'ordre augustinien en 1792 et est ordonné prêtre en 1796. Jusqu'à la dissolution du monastère par la sécularisation en 1803, il est un précepteur des clercs de Beuerberg (pour la physique, la logique et la théologie morale), ainsi que le chapelain et le prêtre de paroisses locales.
La fin des Augustins oblige Urban à enseigner dans des instituts séculiers: 1803 professeur de lycée et directeur musical à Landshut, 1808 professeur de rhétorique et de religion à Munich, 1813 au séminaire éducatif pour les filles à Munich. En 1817, il est nommé aumônier de la cour royale et professeur de religion des princesses de Bavière.
En 1821, sa bonne réputation au sein de la famille royale de Bavière permet sa nomination dans le nouveau chapitre métropolitain de Munich et Freising. Quand il devient roi en 1825, Louis de Bavière a une préférence pour les membres du chapitre pour en faire des évêques. Urban devient conseiller ecclésiastique au vicariat général et en 1827 prêtre de la cathédrale de Munich.
Sur demande royale, Bonifaz Kaspar von Urban est nommé archevêque de Bamberg le , le pape Grégoire XVI le confirme le . L'intronisation solennelle a lieu le dans la cathédrale de Bamberg.
Urban est caractérisé par une profonde piété et une humanité sincère. Il est bienveillant, proche du peuple et fidèle à la fois au pape et au roi. Dans plusieurs fondations, il considère les familles pauvres, même non catholiques, et vit comme un exemple de charité et de modestie.
La ville de Bamberg lui décerne la citoyenneté d'honneur en 1852. Après sa mort, il est enterré dans la cathédrale de Bamberg.