Lycéen, il gagne en 1999 des sélections All-League, All-District, All-City, All-County et All-American et figure dans la liste des douze meilleurs lanceurs du pays. Lors de cette saison, il remporte onze matches pour une seule défaite et une moyenne de points mérités de 0,87.
Drafté une première fois par les Minnesota Twins en 1999, Brian Slocum ne donne pas suite et commence ses études universitaires à Villanova.