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De bonne heure, son oncle, Elzéar de Rastel, fait pourvoir Charles de Saint-Sixt du prieuré du Pont-Saint-Esprit et du titre de protonotaire du Saint-Siège. Docteur de philosophie et de théologie de la Sorbonne, il devient aumônier du roi, et à la mort d'Elzéar de Rastel il lui succède en 1599.
Le nouvel évêque interdit des assemblées de calvinistes, et un arrêt du parlement d'Aix les interdit absolument dans Riez et son terriloire. En 1600, Charles de Saint-Sixt confirme l'érection récente de la cure de Gréoux en vicairie perpétuelle. En 1602, il en fait autant pour la cure de Tarages.
En 1601 il cède à Claude de Castellane, sieur de Tournon, une portion de la terre et seigneurie de Saint-Laurent, appartenant à l'évêque de Riez, et reçoit en échange une vaste et belle maison que le sieur de Tournon possède dans la ville. La maison devient le nouveau palais épiscopal. Charles de Saint-Sixt est plusieurs fois député à la cour de France pour les affaires de la Provence.
En 1612 il bénit le terrain où bientôt s'élève un couvent de capucins avec une église et il fait reconstruire à neuf et dans un quartier plus commode et plus sain une grande maison hospitalière. En 1612 il rachète et unit à la mense épiscopale le domaine de Val-Moine, ancien monastère aliéné.
Il est aussi orateur et écrivain apprécié, notamment de l'oraison funèbre de Henri IV, prononcée à Riez, et d'une ode adressée au père Thadée, de la congrégation de l'Oratoire.
Charles de Saint-Sixt meurt empoisonné par un serviteur en 1614.
