Docteur de 3e cycle (1969, thèse sur L’Alsace entre la guerre et la paix. Recherches sur l’opinion publique (1917-1918), directeur de thèse Fernand L'Huillier), agrégé d'histoire-géographie (1971) et docteur ès lettres (1981, thèse d'État sur Le parti catholique alsacien (1890-1939), directeur de thèse Jacques Bariéty), Christian Baechler commence sa carrière en Allemagne comme professeur à l’Institut français à Bonn (RFA) et comme membre de la Commission internationale chargée de la publication des archives diplomatiques allemandes de l’entre-deux-guerres (1971-1976).
Rentré en France, il est attaché de recherche au Centre d’Études germaniques de Strasbourg (CNRS) (1976-1978), puis assistant (1978-1986), maître de conférences (1986-1988) et professeur d’histoire contemporaine de l’Allemagne (1988-2009) à l’Université Marc Bloch de Strasbourg.
De 1992 à 2002, il occupe la fonction de secrétaire général des Presses Universitaires de Strasbourg. De 2004 à 2014, il est vice-président de la Commission pour la publication des documents diplomatiques français du Ministère des Affaires étrangères, chargé de la publication de la période 1920-1932.
Il est membre du comité scientifique de la Revue d’Alsace, du comité de rédaction de la Revue d’Allemagne, cofondateur du Comité franco-allemand des Historiens (1988), trésorier de l’Association internationale d’histoire contemporaine de l’Europe (1990-2010) et président de la Société d’études allemandes (depuis 2009).
Prix de la Fondation Édouard Bonnefous de l’Institut de France 2022 pour l’ensemble de son œuvre.
