Fils d'un marchand, Becker a d'abord fréquenté l'école Saint-Thomas puis l'université de Leipzig à partir de 1573. Il obtient un baccalauréat ès art en 1580 puis une maîtrise dans le même domaine en 1584. Après avoir été archidiacre à Rochlitz, il revient enseigner à l'école Saint-Thomas en 1588 et épouse Dorothea Stockmann en 1589. Elle lui donnera quatre enfants. En 1592, Cornelius Becker est nommé diacre de l'église Saint-Nicolas avant d'en devenir le pasteur deux années plus tard. L'université le fait docteur en théologie en 1599 et le titularise en tant qu'enseignant en son sein sans qu'il abandonne pour autant ses fonctions de pasteur. Théologien luthérien zélé, il meurt a 42 ans dans une ville qu'il n'a quasiment pas quittée.
Johann Sebastian Bach a repris ses textes dans deux cantates, les BWV 85 et 104.
