Discussion Projet:Biologie/Organon

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2026

Format des demandes

== #numéro - demande ==
* Type : bug / modification / fonctionnalité
* Description : descriptif (<exemple>)
* Signature : ~~~~

Infos :

(résolu) : requête traitée ou refusée. Généralement il faut comprendre comme « actuellement corrigée » ou « sera corrigée au redémarrage du site »
(attente) / (en cours) / (<blabla>) : je travaille dessus, je teste, etc.
les autres demandes non « titrées » sont en attente (parfois simplement d'en discuter ensemble ou de précisions).

Bugs / modifications / fonctionnalité

(en attente) #22 - POWO Distribution

Distribution ajoutée mais non traduite. Le système est en:List of codes used in the World Geographical Scheme for Recording Plant Distributions (WGSRPD).
Solution(s) : traduire ou étudier la possibilité de remplacer cette liste par une carte.

— LD (d) 13 juillet 2026 à 21:37 (CEST)

De quoi y a-t-il besoin pour traduire ? Il suffit de traduire en:List of codes used in the World Geographical Scheme for Recording Plant Distributions ? ou il faut autre chose ? TE D 13 juillet 2026 à 22:34 (CEST)

C'est plutôt une question ouverte. Traduire n'est pas difficile (ça ressemblerait à ce qui existe pour les ISO) ; c'est juste qu'éditorialement, la question se pose sur la pertinence d'une liste d'entités géographiques, là où une carte pourrait potentiellement être plus condensée. Sauf s'il y a de bonnes raisons d'exclure la 2e idée, je pense sonder Projet:Module/Projet:Modèle autour de commons:WGSRPD_maps (car, manifestement, ils ont même un projet CC BY 4.0 s'il fallait faire des cartes "manuelles" ou si Organon devrait être un jour capable de générer des cartes exportables sur commons). LD (d) 13 juillet 2026 à 23:35 (CEST)

@LD : serait-il possible de modifier le texte pour remplacer « Ce taxon se rencontre dans les pays suivants » par « Ce taxon se rencontre dans les pays et régions suivants », car il n’y a pas toujours que des pays dans la liste. TE D 2 août 2026 à 15:42 (CEST)

@TED: fait ainsi que Modèle:WGSRPD / Module:WGSRPD pour avoir une carte. Disons que c'est du "test" pour le moment, il y a sans doute à améliorer mais je suis content

LD (d) 4 août 2026 à 23:30 (CEST)

@LD : super ! Pour les différents statuts et couleurs, il y a aussi rouge = éteint, par exemple : https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:982672-1 et violet = introduit, par exemple : https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:265849-1 Serait-il possible d’ajouter ces options ? TE D 5 août 2026 à 20:59 (CEST)

@LD encore : je viens de tester avec Canastra (plante), et Organon me renvoit {{WGSRPD|codes=BZL,BZS|source=[[Plants of the World Online|POWO]]{{Bioref|powo|5 août 2026|ref}}}} qui ne fonctionne pas : cela affiche une série de coordonnées géographiques. TE D 5 août 2026 à 22:33 (CEST)

En cherchant dans les pages liées au modèle s’il y a des cas où ça marche, je tombe sur Discussion utilisateur:GrandEscogriffe#Carte Kartographer, et je comprends donc que c’est un problème de prévisualisation. Cela marche sur Canastra (plante). TE D 5 août 2026 à 23:36 (CEST)

@LD : j’ai vu passer tes modifications sur le modèle, et c’est tout simplement génial ! Merci beaucoup ! TE D 7 août 2026 à 14:03 (CEST)

@LD encore : des propositions de formulations pour améliorer le texte : avec des liens vers indigène (écologie) et espèce introduite, plutôt que « présence certaine » et « présence introduite » (qui sonne bizarre). Je propose : « Ce taxon se rencontre dans les pays et régions suivants{{Bioref}} : indigène en… ; introduit en… ; éteint en… et de présence incertaine en… » (chaque cas à ne mettre que selon les besoins).

Et dans les cas où un seul code est utilisé, si c’est techniquement possible de mettre : « Ce taxon est endémique de…{{Bioref}}. »

TE D 7 août 2026 à 14:29 (CEST)

@TED : j'ai quelques réticences :

"Ce taxon se rencontre dans les pays et régions suivantes :" OK mais "rencontre" est ambigü (on rencontre un taxon éteint )
Indigène : pas ok. POWO dresse un "constat", sans parler qualifier d'indigène : on pourrait ignorer que Jean-Machin l'a introduit au 12e siècle.
Endémique : pas ok. D'abord, le découpage (L3) ne correspond pas vraiment à des écozones d'endémisme (souvent L4) et le fait qu'on soit certain qu'on rencontre ce taxon ne le rend pas endémique : on peut imaginer, à l'inverse, que le taxon était présent ailleurs (non documenté) mais documenté dans un seul endroit (ça arrive souvent pour des coléoptères, j'imagine que pour les plantes ça pourrait arriver).

POWO définit ces données de deux manières, avec les mots anglais establishment et distribution, il faut pouvoir comprendre : "Ce taxon est présent/implanté dans les pays et régions suivantes :", avec ces choix :

il est toujours présent (de manière certaine)
il a été introduit
il est peut-être présent (incertain)
il a été présent mais est éteint

En termes de lien, "Présence introduite" colle assez bien. En revanche, sur la bonne formulation, je sèche un peu ; d'autant plus que la cartographie répond à des "règles" (les légendes sont supposés courtes et intuitives). LD (d) 7 août 2026 à 14:59 (CEST)

@LD : quelques éléments de réponse pour faire avancer la réflexion :

« se rencontre » était ta formulation de départ que j’ai reprise, je préfèrerais « Ce taxon est présent dans les pays et régions suivants… », mais cela ferait répétition avec « présence incertaine en… » s’il est utilisé ensuite, ce qui n’est finalement pas très grave, étant donné le peu de fois où ce serait utilisé. Et dire « est présent » pour dire ensuite « éteint » ne me gène pas : c’est un présent de narration, et on comprend bien qu’il a été présent et qu’il ne l’est plus. Au pire, si c’est possible techniquement, pour un taxon uniquement éteint, on peut envisager une autre formulation : « Ce taxon est éteint en… {{Bioref}} ». Pour un taxon éteint dans certains endroits mais encore présent dans d’autres, on pourrait garder la formulation : « Ce taxon est présent dans les pays et régions suivants{{Bioref}} : indigène en… ; introduit en… ; éteint en… ».
POWO parle de native et introduced, c’est à dire : en:Native species qui correspond bien à indigène (écologie) (voir les interwikis) et en:introduced species qui correspond à espèce introduite (voir les interwikis). Je ne sais pas d’où tu sors « présence certaine » (à la place de native), mais ce n’est pas ce que dit POWO. Si on ignore qu’un taxon est présent dans un deuxième endroit, alors on ne peut rien dire d’autre que ce que l’on sait = il est présent dans un seul endroit, et c’est la définition de l’endémisme. Si les connaissances évoluent, on pourra toujours mettre à jour l’article. Le petit texte en haut de la page de POWO précise quand c’est endémique, et même précise quand c’est endémique d’une sous-région (parfois plus petit que L4), par exemple : pour Lotus holosericeus, POWO précise : The native range of this species is Canary Islands (Gran Canaria)., même si la carte donne toutes les îles Canaries (et pas seulement Grande Canarie). Et cela amène le commentaire suivant : présent dans un pays (quelque soit le mode de présence) pour POWO, cela ne veut pas dire qu’il est présent de manière certaine dans tout le pays, au contraire : cela peut être une toute petite sous-région, donc indiquer « présence certaine » dans tout un pays est trompeur.
Ce n’est pas la présence qui est introduite, c’est l’espèce qui est introduite, [[Espèce introduite|Présence introduite]] ne colle vraiment pas du tout. Et si cela a été introduit au 12e siècle, alors POWO indique que c’est introduit (et s’ils ne l’indiquent pas, on peut leur signaler et ils seront ravis de corriger).

Je parlais surtout du texte dans le paragraphe. Pour les légendes courtes et précises de la cartographie, je pense que ceci peut suffire : indigène, introduit, éteint et présence incertaine.

TE D 7 août 2026 à 15:35 (CEST)

@TED: Je pense que je vais ouvrir une autre section sur ce sujet. Il y a d'autres considérations comme le fait que la section rédigée peut être complétée par d'autres sources. Ce qui est valable pour POWO peut ne pas l'être ailleurs. Je préfère y voir un peu plus avant de faire des propositions qui s'adaptent bien. Aussi, on peut se poser la question de la présentation (liste, tableau ?), regroupement par continents, découpe du nombre de régions, etc.

Pour certaine, establishment, distribution, etc. ce sont les noms des données que je récupère (pour Nesiota elliptica, quelque chose comme "distribution": { "extinct": [{"establishment": "Extinct", "tdwgCode": "STH", ...}]}). "establishment" est sans doute une mauvaise compréhension de ma part, ça peut aussi se comprendre comme "il est établi que". Cela dit, un répertoire (readme dans wcvp) va me permettre de retester sur différents taxons et surtout de fouiller le The World Checklist of Vascular Plants plus un détails.

Pour ton exemple de Lotus holosericeus, en attendant, ça peut être contourné par certains paramètres comme |légende=blabla|légende_certaine=Présence [[endémisme|endémique]]. Je mettrais à jour la légende et le titre de la légende ; car je pense que seuls les articles avec POWO l'utiliseront réellement. LD (d) 7 août 2026 à 16:26 (CEST)

À ma connaissance, POWO est la base de données la plus complète sur la distribution des plantes vasculaires, il y a donc peu de chances que ce qui est valable pour POWO ne le soit pas ailleurs.

Oui, bien sûr, on peut compléter par d’autres sources, et c’est souhaitable. Ma question était d’avoir une formulation de base à partir de laquelle il est possible de compléter, pas d’avoir un truc inamovible. Pour le moment, j’ai surtout eu affaire avec des taxons sur quelques pays/régions, donc la question de regrouper ou présenter dans une liste ou un tableau ne s’est pas présentée.

establishment dans ce contexte, je le comprends comme establishemnt mean = native, introduced, doubtful ou extinct (qui est un cas particulier de moyen d’établissement). TE D 7 août 2026 à 17:10 (CEST)

@TED En ce qui concerne la carte, j'ai approfondi mes recherches à partir de https://powo.science.kew.org/about-wcvp, qui renvoie vers https://dwc.tdwg.org/em/.

J'ai constaté qué POWO ne faisait aucune différence entre :

native (indigenous)
native: endemic
native: reintroduced

De fait « native » peut vouloir dire les 3. Dans tous les cas elle est bien "indigène" (voire "endémique" ; ex. Lotus holosericeus) mais POWO ne le clarifie pas si elle est "seulement" indigène/endémique ou réintroduite, donc on ne peut pas le "supposer". De ce constat, j'en déduis que le comportement par défaut devait être :

Statut par pays et région :

Présence certaine (indigène, réintroduite ou endémique)
Présence incertaine
Introduit
Éteint

Néanmoins, j'ai établi que :

Si éteint est seul, alors la légende affiche "Anciennement présent dans les pays et régions suivants :" + "Éteint"
Si introduit est seul, alors la légende affiche "Introduit dans les pays et régions suivants :" + "Introduit"

Si besoin est, je peux rajouter un paramètre endémique=oui et indigène=oui, à remplir manuellement qui changerait en « Présence indigène » / « Présence endémique » mais légende_certain peut déjà le faire.

Est-ce qu'on aurait mieux que Réintroduction pour lier "réintroduite" ?

----

Aparté (ou pas) : j'ai changé les couleurs pour les rendre plus accessibles (daltonisme notamment).

----

Pour les paragraphes, on pourra mettre des notes, rentrer dans les détails, etc. En tout cas la priorité me semble effectivement de distinguer le « statut » (présent, éteint, ...) dans le contenu, et ne pas faire "semblant" que "tout est au même niveau".

##24_–_verbage_POWO

LD (d) 13 août 2026 à 18:50 (CEST)

@LD : cela semble parfait ! Réintroduction est le bon lien pour les espèces réintroduites (l’article mériterait d’être complété avec des exemples de plantes). Pour tes questionnements sur indigène/endémique/réintroduite : endémique est seulement un cas particulier d’indigène qui n’est présent que dans un seul territoire et réintroduite est aussi un cas particulier d’une espèce indigène. Et pour les espèces réintroduites : je ne sais pas si elles sont très nombreuses, mais je pense que c’est assez marginal. Et je redis ce que j’ai déjà dit plus haut : présent dans un pays (quelque soit le mode de présence) pour POWO, cela ne veut pas dire qu’il est présent de manière certaine dans tout le pays, au contraire : cela peut être une toute petite sous-région, donc indiquer « présence certaine » dans tout un pays est trompeur. Bref, tout ceci pour dire que indigène couvre bien tous les cas de ce que tu appelles « présence certaine » (qui n’est pas certaine en réalité), et que espèce indigène correspond mieux à la situation.

Introduit sera rarement seul : la plante a bien un territoire d’origine où elle est native, même si elle y est éteinte… as-tu vu des exemples sur POWO de plantes qui ne serait qu’introduite ?

Pour les couleurs : j’aimais bien le rouge pour les espèce éteintes, mais le noir correspond au code couleur de la liste rouge de l'UICN pour les espèces éteintes (EX).

Le jaune et le orange me semble un peu proches, mais je n’ai pas de problème de vision : il faudrait voir avec une personne souffrant de protanopie. Et c’est confusant d’utiliser le orange pour une autre signification (espèce introduite) que le orange de POWO (présence incertaine).

Est-ce que tu connais la palette de Wikimédia ? Je propose d’utiliser les couleurs de cette palette : vert pour indigène, bleu pour introduite, leur jaune foncé/orange pour incertain et noir pour éteint.

Pour le texte dans le paragraphe, je suppose que tu as vu que j’ai commencé à corriger et compléter Modèle:WGSRPD/Codes (je n’ai pas fini). Ce serait bien si tu pouvais le prendre en compte (en particulier États du Golfe, ce n’est pas en Amérique, mais le Golfe persique ; Assam : ce n’est pas l’Assam mais l’ancienne Province d'Assam (en), j’ai ajouté le lien pour Malaisie péninsulaire, etc.). TE D 13 août 2026 à 22:28 (CEST)

@TED : plusieurs sous-tâches ici.

Je n'ai pas vu de plantes qui ne seraient qu'introduites mais c'est une possibilité (vu le format des données), donc je suis "obligé" d'offrir une solution - sans quoi on aurait une erreur sur ce genre de cas (s'ils existent). C'est plus un ajustement de convenance plutôt qu'un constat. En même temps, je ne pourrais jamais prévoir toutes les situations (POWO peut contenir une erreur inattendue dans une de ses fiches et Organon engendrera l'erreur). En tout cas, la prévoyance (peut-être zélée) me semble pas gênante.
Pour le choix des couleurs du Module:WGSRPD, ça peut être traité assez rapidement, cela correspond à Module:WGSRPD#L-13 jusqu'à Module:WGSRPD#L-16. La palette a des avantages et inconvénients : le daltonisme n'est pas pris en considération, en soi, mais elle prend en compte d'autres problèmes d'accessibilité (ex. vivacité des couleurs). Je peux faire plusieurs propositions et on choisira (sans doute dans une section séparée).
J'ai modifié quelques liens depuis que tu as retouché Modèle:WGSRPD/Codes mais une chose me 'questionne' : si POWO renvoie 'EHM', tu souhaiterais qu'on affiche 'Himalaya oriental (Arunachal Pradesh, Bhoutan, Darjeeling, Sikkim)', c'est bien ça ? (avec les LI). In fine, ça revient à introduire les codes L4. D'un certain côté je trouve ça assez logique, de l'autre POWO ne précise jamais si toutes les entités géographiques inférieures sont concernées. Par ex. on peut imaginer que X est présent en ITA mais pas nécessairement au Vatican (d'ailleurs y'a pas énormément de végétation là-bas ). Dès lors, le niveau de précision manquant provient du fait qu'on n'a pas d'équivalent de en:List of codes used in the World Geographical Scheme for Recording Plant Distributions. Article dans lequel on peut d'ailleurs répercuter ta remarque : la présence dans une entité ne veut pas dire partout mais simplement qu'elle a été enregistrée quelque part. Donc, autant je suis à l'aise avec l'idée de corriger les mauvais liens internes (pour afficher l'article le plus pertinent), autant je vois mal comment ne pas induire en erreur en rajoutant L4.

LD (d) 15 août 2026 à 17:28 (CEST)

Je suis parti en vacances, et l’accès à internet est plus compliqué là où je suis. Je fais une réponse rapide, et ne t’étonne pas si je suis moins réactif dans les prochaines semaines.

C’est déjà ce que je disais ci-dessus : « présent dans un pays (quelque soit le mode de présence) pour POWO, cela ne veut pas dire qu’il est présent de manière certaine dans tout le pays, au contraire : cela peut être une toute petite sous-région, donc indiquer « présence certaine » dans tout un pays est trompeur. » Une plante peut-être endémique de Bretagne, mais POWO indiquera qu’elle est native = indigène (écologie) en France, et tu en déduis que la plante est en « présence certaine » en France, ce qui n’est pas la même chose.

Indiquer « Himalaya oriental » tout seul sans lien ne donne pas beaucoup d’information sur ce que c’est, à moins de créer un article Himalaya oriental ? Je m’attaquerai à une traduction de en:List of codes used in the World Geographical Scheme for Recording Plant Distributions à mon retour. TE D 15 août 2026 à 17:52 (CEST)

(en attente) #14 - MycoBank a disparu

Type : fonctionnalité
Description : Organon ne fournit plus la taxobox et les sous-taxons selon MycoBank. Il me semble pourtant qu’ils y étaient auparavant… Testé avec Gyroporus et Boletus, et filtre=champignon.
Signature : TE D 1 août 2026 à 20:21 (CEST)
MB est en utilisation restreinte (autorisation/enregistrement), je n'ai pas encore contacté les devs mais il faudrait que je le fasse ^^ LD (d) 1 août 2026 à 20:36 (CEST)
Il me semble, cependant, que MB est toujours actif sur taxobot. LD (d) 1 août 2026 à 20:39 (CEST)
J’ai dû confondre alors, et je te présente toutes mes excuses. J’ai utilisé Organon et Taxobot en parallèle pendant un temps, et ces derniers jours, j’ai tendance à n’utiliser qu’Organon. Je vais revenir à une double utilisation en attendant qu’Organon grandisse ! (et j’ai hâte qu’il devienne adulte ! ) TE D 1 août 2026 à 22:42 (CEST)
J'attends le retour de MB. — LD (d) 4 août 2026 à 01:17 (CEST)

#14 – Index Fungorum et Species Fungorum

Type : modification
Description : je viens de comprendre (ou alors j’avais su et oublié) que Index Fungorum (IF) et Species Fungorum (SF) fonctionne comme IPNI et POWO : le premier est un répertoire de tous les noms publiés, quelques soient leurs statuts nomenclatural (valide, invalide, rejeté, etc.) et taxinomique (nom correct ou synonyme) sans donner d’avis sur la taxinomie, et le deuxième est un site de taxinomie qui liste les noms corrects et les synonymes. Il est donc étrange d’avoir des taxobox et des sous-taxons selon IF : est-ce que c’est selon SF ?
Signature : TE D 2 août 2026 à 03:46 (CEST)

Note : pour IF, il y a les modèles : {{Fungorum espèce}}, {{Fungorum genre}}, {{Fungorum famille}} et {{Fungorum suprafamille}} (qu’il faudrait peut-être revoir). Mais je ne retrouve pas de modèle pour SF. TE D 2 août 2026 à 03:51 (CEST)

@TED : les deux sites n'ont qu'un seul point d'entrée, une "même route". On récupère le même identifiant (IF, SF) dans les deux cas. Si les deux sites peuvent avoir des données affichées différentes, ça reste la même "source".

Ceci dit, il serait sans doute plus clair d'afficher "Species Fungorum" dans la classification/corps de l'article. LD (d) 2 août 2026 à 11:50 (CEST)

@LD : et c’est aussi le même identifiant pour MycoBank normalement : ils se sont entendus et ont fait exprès d’utiliser les mêmes identifiants. Un grand oui pour afficher Species Fungorum. Il faudrait créer {{Species Fungorum}} comme modèle de bioref. TE D 2 août 2026 à 11:59 (CEST)

(en attente) #16 – noms vernaculaires avec INPN

Type : fonctionnalité
Description : serait-il possible d’avoir les noms vernaculaires listés par INPN ? TE D 2 août 2026 à 20:56 (CEST)
Signature : TE D 2 août 2026 à 20:56 (CEST)
@TED Sans trop jargonner, disons que ça fonctionne mais pas sur toolforge. C'est lié à l'attaque du MNHN.

Néanmoins, les noms sont déjà récupérés via GBIF (ou COL XR). Par exemple, si tu cherches Prionotropis rhodanica, tu verras qu'une partie provient de taxref (tout simplement car ils [GBIF/COL] utilisent taxref v18).

On peut néanmoins avoir envie de n'ajouter que les noms issus de taxref, auquel cas je peux télécharger taxref v18 et modifier le comportement derrière le rendu (à la manière dont j'ai traité la classification, l'auteur, ...). En l'état, c'est un agrégat mais les deux principales sources sont taxref (utilisé par gbif, col, col xr) et inaturalist (utilisé par EOL). LD (d) 3 août 2026 à 00:50 (CEST)
Testé avec Sterculia et filtre=végétal : INPN liste « sterculier » comme nom vernaculaire, qui n’est récupéré nulle part. Organon n’arrive pas non plus à trouvé le lien INPN, avec le message suivant dans l’onglet données : «. Erreur : Client error '403 Forbidden' for url 'https://taxref.mnhn.fr/taxref-web/api/taxa/search?nomComplet=Sterculia&nbRows=500' For more information check: https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/HTTP/Status/403 ». TE D 3 août 2026 à 10:31 (CEST)
@TED : le bug 403 est lié à l'attaque, précisément. Organon ne peut pas se connecter à mnhn, tout simplement car c'est identifié comme un service hébergé (c'est le cas, c'est la WMF qui héberge le site).

Sinon, taxref / inpn donnent bien ce nom (sterculier), GBIF parvient à se connecter à ces données (il a seulement téléchargé la base de données, ce n'est pas une connexion web). En revanche, je pourrais sans doute rajouter l'identifiant INPN, c'est le même que taxref, car il me semble que gbif le récupère. LD (d) 3 août 2026 à 18:25 (CEST)

#23 – Taxobox avec Tropicos ?

Type : fonctionnalité
Description : serait-il possible qu’Organon propose une taxobox avec Tropicos ? Cela serait utile pour les mousses (au sens large : mousses, hépatiques et anthocérotes) qui ne sont pas couvertes par POWO (qui concerne seulement les plantes vasculaires). TE D 7 août 2026 à 16:26 (CEST)
Signature : TED 7 août 2026 à 16:26 (CEST)
@TED : j'y connais rien en mousse (celle au chocolat à la rigueur) mais je peux étudier ça. La proposition devrait se faire sur quels rangs et/ou avec filtrer "mousse" ?
Je me fais la réflexion car dans langage courant, 'mousse' s'entend aussi comme'moisissure / lichens (ex. Evernia prunastri), peut-être que 'Bryophyta' serait plus parlant pour le filtre - mais ça rompt avec la tradition de nommer avec un mot courant.
- Comme je n'y connais pas grand chose, je te laisse le soin de confirmer les rangs qui font sens : Bryophyta, Marchantiophytes, Anthocérotophytes, Bryobiotina, Sphagnum ?
Il faut néanmoins noter que tropicos a mis en place un système d'enregistrement.

Aussi, rien à voir, mais je compte (un jour) améliorer le filtre pour regrouper un peu les règnes (animal : oiseau ; amphibien, etc.), si ce n'est visuellement car on s'y perd. Faudrait-il mettre "mousse" (ou autre terme) sous "plante" (actuellement "végétal") ? LD (d) 7 août 2026 à 17:01 (CEST)
@LD : Bryobiotina semble être la bonne porte d’entrée sur Tropicos. Le mot courant, c’est Bryophyte (qui n’est pas la même chose que Bryophyta). Cela peut être WFO au lieu de Tropicos (les deux incluent les plantes non vasculaires, contrairement à POWO), mais j’ai cru comprendre que tu as aussi des problème pour accéder à WFO.

Pour regrouper les filtres et à propos de végétal : à l’époque lointaine et reculée des débuts de Wikipédia, il y avait des taxobox végétal pour {plantes + algues + champignons}. Les champignons puis les algues ont eu ensuite leurs propres taxobox, mais végétal est resté pour désigner effectivement les seules plantes. J’avais dans l’idée de proposer de changer cela (ce qui aurait permis de mettre à jour et de suivre les mises à jour : ce qui a déjà été mis à jour et ce qui nécessite encore d’être mis à jour), mais j’attendais qu’Organon grandisse pour faciliter les mises à jour en question.

Un point en rapport avec cela, mais sans lien avec la section : je pense qu’il serait utile de trouver un moyen pour donner la date de mise à jour de la taxobox. Certaines infos sont périmées depuis des décennies, mais ne sont pas mises à jour sur Wikipédia, faute de savoir que la taxobox date de 2004…

TE D 7 août 2026 à 17:30 (CEST)
WFO est accessible mais ne fonctionne pas toujours bien (problème de connexion de leur côté).

Niveau charte, j'avoue ne pas avoir trop d'opinion. Par contre, en termes de sélection pour Organon, j'aimerais bien rendre la liste plus facile à manier car elle s'allonge trop vite à mon goût (et d'un autre côté tant mieux, ça donne de meilleurs résultats).

Cela fait longtemps aussi que le système de taxobox n'a pas été amélioré ; il y a plusieurs mois (années?), j'avais si ce n'est proposé de rajouter un lien vers Aide:Lecture d'une taxobox car ce n'est pas intuitif pour un néophyte (et c'est normal, avec toutes ces histoires de nomenclature et codes différenciés ). Je ne m'y suis pas trop penché, justement car il y avait des choses "plus urgentes". LD (d) 7 août 2026 à 23:05 (CEST)

Bonjour TED et LD Tropicos n'est pas à jour dans la classification des Bryophytes. Le CoL et la WFO le sont, car ils reprennent tous deux la base de référence The Bryophyte Nomenclator (https://www.bryonames.org/). Ex : Frullaniaceae. Tropicos classe encore cette famille dans l'ordre des Porellales et le sous-ordre Jubulineae alors que les Frullaniales ont été séparés en 2023, comme repris par bryonames, la WFO et le CoL. Donc àmha il faut privilégier CoL ou WFO (ou pourquoi pas créer un nouveau modèle+classif pour Bryonames). Et une raison de plus qui va contre Tropicos : les pages ne sont consultables qu'en se créant un compte (c'est récent, et c'est assez malheureux, bien que la création soit gratuite), ce qui ne facilite pas la vérification des sources pour les lecteurs. Amicalement, 74laprune (discuter) 14 août 2026 à 20:41 (CEST)

(résolu) #31 - id LPSN

Type : bug
Description : récupère le mauvais id pour LPSN. Ex pour Dichelobacter : rn.515525 au lieu de dichelobacter.
Signature : 74laprune (discuter) 16 août 2026 à 17:11 (CEST)
@74laprune :

Pour expliquer le problème, LPSN peut renvoyer https://doi.org/10.83108/rn.515525 et 515525 est le véritable identifiant, j'avais pas trop fait attention au modèle {{LPSN}} quand j'ai lu l'API LPSN.
Néanmoins le site permet de former deux liens :
- ex. rang + nom en minuscule (dichelobacter) : https://lpsn.dsmz.de/genus/dichelobacter
- taxon + code rn : https://lpsn.dsmz.de/taxon/515525 (c'est vers celui-là que je pensais qu'on allait)
Donc, si on le souhaite, on peut même faire évoluer {{LPSN}} pour ne plus à avoir à remplir le rang puisqu'on a le numéro (y compris dans la fiche sous Record number).
Dans tous les cas, j'ai corrigé en reconstruisant "notre" identifiant. LD (d) 16 août 2026 à 23:45 (CEST)
Effectivement, le numéro serait mieux, non ? TE D 17 août 2026 à 10:14 (CEST)
Je préfère le nom car c'est ce qu'il y a de plus simple pour remplir à la main. Ou alors il faudrait que le modèle gère les deux. 74laprune (discuter) 17 août 2026 à 19:47 (CEST)
@TED & @74laprune La double gestion est une bonne idée, ça rendrait donc ces syntaxes valides :
{{LPSN | genre | 515525 (...) }}

{{LPSN | genre | dichelobacter (...) }}

Distinguer un identifiant alphabétique et numérique peut se faire sur ce même principe (GBIF). LD (d) 19 août 2026 à 00:18 (CEST)

#36 - LE UICN

Type : bug
Description : statut UICN récupéré mais manque le LE
Signature : 74laprune (discuter) 19 août 2026 à 13:23 (CEST)
Actuellement, UICN n'est pas récupéré par Organon mais par GBIF, donc pas de LE (connu). En revanche, j'aimerais effectivement inclure un module IUCN. LD (d) 22 août 2026 à 13:36 (CEST)

#37 - taxons>genre RI & cat

Type : fonctionnalité
Description : embranchements, classes, ordres et familles : ajouter la catégorie homonyme avec la clé de tri (ex : [[Catégorie:Bovidae| ]]) et {{catégorie principale}} après autres projets ; ajouter le taxon principal (embranchement, classe ou ordre) supérieur dans le RI (ex : « famille de l'[[ordre (biologie)|ordre]] des [[Artiodactyla]] »)
Signature : 74laprune (discuter) 19 août 2026 à 13:23 (CEST)
J'ai l'impression qu'il y a plusieurs tâches :
1. Catégoriser l'article selon le rang supérieur (embranchement, classe, ordre et famille), ex. Catégorie:Bovidae :
  - (résolu)
2. Ajouter {{Catégorie principale}} pour le rang supérieur (embranchement, classe, ordre et famille) : (résolu)
  - (résolu)
3. Améliorer le RI ex. « famille de l'ordre des Artiodactyla » ; « ordre de la classe Aves » ; classe l'embranchement Chordata (quoi qu'ici on préférait sans doute éviter : souvent les classes utilisent des rangs intermédiaires pour être présentées)
  - non résolu => en amont, je voudrais tester ; car en soi on pourrait avoir « est un Insecte coléoptère de la famille Bidule. », à l'image de Aves avec « Oiseaux (Aves) sont une classe de Vertébrés tétrapodes ». Néanmoins, je ne suis pas certain que phrase sonne correctement en étant adjectivée.
4. Définir une clé de tri : ce sera sans doute * car est un caractère moins accessible : (résolu)
  - (résolu)
Pas nécessaire de subdiviser, je marque juste ici ce que je fais. LD (d) 22 août 2026 à 23:18 (CEST)
Remarque : on dit « ordre de la classe des Aves » ; classe de l'embranchement des Chordata ; « est un Insecte coléoptère de la famille des Bidule. ». TE D 23 août 2026 à 09:27 (CEST)
oui ;) LD (d) 23 août 2026 à 10:01 (CEST)

┌─────────────────────────────────────────────────┘
Les phrases adjectivales semblent difficiles à reproduire à ce stade, on verra si le projet s'agrandit (gestion de dictionnaires, etc). LD (d) 23 août 2026 à 12:52 (CEST)

Bonjour LD

, en testant pour les Natrialbaceae, les points 1. et 3. sont OK (merci beaucoup !), mais il manque le {{Catégorie principale}} après {{Autres projets}}. 74laprune (discuter) 25 août 2026 à 11:39 (CEST)

(attente) #38 - GRIN

Type : fonctionnalité
Description : ajouter GRIN comme classification possible (avec règne=cacher car ne commence qu'à la famille). Source intéressante en botanique car souvent la seule à donner la classif intra familiale (sous-famille, tribu, sous-tribu, sous-genre, section…)
Signature : 74laprune (discuter) 19 août 2026 à 13:23 (CEST)

Prise de contact effectuée avec les gestionnaires. LD (d) 26 août 2026 à 20:49 (CEST)

(à discuter) #45 - noms Tela métro

Type : fonctionnalité
Description : ajouter les noms communs « Secondaire ou régional » de Tela métro
Signature : 74laprune (discuter) 23 août 2026 à 20:04 (CEST)

Que penses-tu de « Ce taxon est également nommé Chêne pédonculé^[1], Chêne à grappes^[1], Chêne femelle^[1], Gravelin^[1]. » ?

J'ai hésité avec « D'après Tela métro^[1], il est également nommé : Chêne pédonculé, Chêne à grappes, Chêne femelle, Gravelin. »

Ceci dit, j'ai mis de côté les « Peu usité et à éviter », car ça me semble un peu piégeux (mais je peux me tromper). J'aurais bien aimé trouvé un moyen de mettre la distinction entre « Recommandé ou typique » et « Secondaire ou régional ». La proposition sera bientôt en ligne mais je préfère qu'on discute des tournures/de la mise en page avant de clore. Côté "fiche d'identité", l'onglet « Noms & synonymes » incorpore cela d'une manière claire, je pense. LD (d) 25 août 2026 à 22:35 (CEST)

Merci LD

. « Ce taxon est également nommé » me convient tout à fait. 74laprune (discuter) 27 août 2026 à 19:44 (CEST)

Références

[1]
Tela Botanica, <https://www.tela-botanica.org>, licence CC BY-SA 4.0 <https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0>, consulté le 25 août 2026.

#48 - DOI

Type : fonctionnalité
Description : (demande non urgente et peut-être assez ambitieuse) lorsque le DOI est récupérable pour la publication originale (c'est le cas souvent sur la LPSN, l'IPNI, le WoRMS pour les taxons décrits récemment), mettre en forme la PO avec {{Bibliographie}} si l'article est présent sur Wikidata, et sinon, avec {{Article}} (en s'aidant de ProveIt ?)
Signature : 74laprune (discuter) 25 août 2026 à 12:00 (CEST)
Facteurs limitants/bloquants :
- Les conventions bibliographiques : rarement les mêmes ;
- Les codes de nomenclature : divers (la gestion de l'italique peut poser problème par ex.)
- Certaines sources ne renvoient pas la donnée "Publication originale" de manière "directe" (sur le site oui, dans l'API pas toujours)
- On peut récupérer un tas d'identifiants différents : DOI, BHL, etc.
- Les utilitaires comme Aide:Zotero, ProveIt, etc. sont des projets ambitieux en eux-mêmes. Je sais que je ne pourrais pas maintenir cela. En revanche, peut-être qu'il existe des outils qui permettraient de gérer cela "à distance" : ça pose néanmoins des complications (délais ou absence de réponse, par ex).
Facteurs encourageants :
- WORMS expose directement des choses (DOI, BHL) ; parfois en double mais ce n'est pas très gênant.
- BHL offre une entrée pour obtenir les éléments de l'ouvrage
- Wikidata permet d'être interrogée sur d:Property:P356 (DOI)
J'ai envie de dire « il faut se lancer », quite à ne pas aboutir, pouvoir prendre tout en charge, ni toujours de la bonne manière, il faut tenter :) LD (d) 26 août 2026 à 01:08 (CEST)

(à discuter) #49 - réorganisation des classifications prioritaires

Type : modification
Description : Projet:Biologie/Bases de données suivies donne des bases par règne ou rang à suivre mais pas un ordre précis. Néanmoins, pour chaque "classification" et "filtre" (ex. plante), il faudrait établir idéalement un ordre de priorité. Exemple (fictif) pour les plants : POWO > COL = GBIF > ITIS > WORMS > IRMNG > etc. Organon doit certes choisir en premier dans la base de données la plus spécialiste (l'onglet sources a des catégories approximatives : plantes, champignons, etc.) mais peut aussi récupérer dans celles qui sont "généralistes". Les questions sont plutôt : parmi les spécialistes, certaines sont-elles prioritaires sur d'autres ? parmi les généralistes certaines sont-elles prioritaires sur d'autres ? La tâche n'a pas à être résolue d'un seul coup (surtout que j'essaye d'ajouter des sources au fil de l'eau) mais la question se pose.
Signature : LD (d) 25 août 2026 à 23:43 (CEST)

LD : pour répondre aux deux questions : je dirais oui et oui. Je serais partant pour travailler sur un arbre de décision donnant pour chaque groupe pertinent les ordres de priorités du sourçage. Sous le format qui t'arranges le plus. À valider par le projet Biologie bien entendu. 74laprune (discuter) 27 août 2026 à 19:49 (CEST)

74laprune, je n'ai pas de format qui me dérange

. Pour la lisibilité, ça peut se faire par tableau et/ou puce.

Pour expliquer le schéma actuel :

Organon interroge toutes les bases de données. Qu'un filtre ait été sélectionné ou non, le départage se fera d'abord sur le règne. Si plusieurs règnes différents sont obtenus, il prendra le taxon qui a obtenu le plus de résultats, en signalant qu'il y a biohomonymie (donc soit il faut préciser la recherche, soit faire une sélection manuelle plus détaillée). Il choisit la base spécialisée pour le règne majoritaire obtenu (ex. POWO pour une plante), avant de choisir la base généraliste. Si plusieurs bases généralistes se valent (GBIF, ITIS, COL...), il choisit la mieux classée dans un ordre de préférence fixé à l'avance (ce qui a été fait à la hâche).

Pour les filtres non calqués sur un règne (poissons, etc.), il n'existe actuellement aucune détection automatique à partir d'un autre rang. Il ne choisit qu'à partir du filtre (ex. Animal => généralistes ; Mammifère => Hesperomys). Si aucun filtre n'a été donné, ce sera toujours un généraliste – voir ci-bas, car je veux que ça change

J'aimerais discuter / établir 4 choses :

Un ordre clair de priorité pour chaque filtre : aussi bien parmi les spécialistes que les généralistes ; même si le spécialiste l'emportera sur le généraliste.
Implémenter une "roue de secours" pour les filtres non calqués sur des règne, notamment Animal (par défaut) :
- Ex. Poisson : classe = Chondrichthyes ou super-classe = Osteichthyes ; donc WoRMS est son spécialiste.
- Ex. Mollusque : embranchement = Mollusca ; donc WoRMS est son spécialiste.
- Ex. Reptile : ordre = (Testudines ; Rhynchocephalia ; Squamata ; Crocodylia) ou famille = Sphenodontidae ; donc Reptile Database est son spécialiste.
- Ex. Échinoderme : embr. = Echinodermata ; donc WoRMS est son spécialiste.
- Ex. Crustacés : sous-embr. = Crustacea ; donc WoRMS est son spécialiste.
Faudrait-il faire automatiquement gagner paleobiodb (ce qui suppose d'accepter sa classification) sur les taxons éteints ; ex. Thylacocephala (Crustacea) ; Sigillaria (Plantae) ? Ce qui sous-entendrait donc que paleobiodb devient le choix prioritaire sur n'importe quel spécialiste / généraliste, si le taxon est éteint.
Puisqu'il parfois la date de mise à jour de la fiche ; on peut aussi établir qu'une source puisse être relayée après une autre (puisque c'est un ordre successif) si la source d'après renvoie quelque chose de plus « récent ». Sauf qu'une fiche « plus récente » n'implique pas toujours qu'elle est juste ou suffisamment spécialisée pour en parler. C'est une règle à double tranchant.

Voilà l'état de mes pensées. LD (d) 27 août 2026 à 22:19 (CEST)

LD : je ne crois pas qu'il faudrait faire automatiquement gagner paleobiodb sur les taxons éteints. Leur classification est assez indigeste puisqu'elle compile plusieurs taxons pour un même rang (ex pour Tyrannosaurus : cinq sous-classes !). Il n'y a manifestement pas de volonté de construire une taxinomie cohérente, mais plutôt de rapporter toutes les classifications d'un taxon selon les différents auteurs (« Ranks may be repeated or presented in the wrong order because authors working on different parts of the classification may disagree about how to rank taxa. »). Pour le choix de la source, ce serait plus du cas par cas, par ex WoRMS est spécialisé sur les Foraminifères dont la plupart sont fossiles (et inconnus de TPDB), bryonames pour les mousses fossiles, Hesperomys pour les mammifères fossiles, l'IFPNI contient de nombreuses plantes fossiles inconnues de TPDB, etc. Autre sujet : pourquoi continuer de différencier les classifications GBIF et CoL ? Pour ce qui est de la taxinomie, GBIF n'est plus qu'un site miroir de CoL. La valeur ajoutée de GBIF est dans les photographies et la carte des occurrences (et même là CoL la reprend aussi) donc il est toujours pertinent d'ajouter un lien externe, mais ça ne l'est plus de l'utiliser comme classification àmha. 74laprune (discuter) 29 août 2026 à 09:20 (CEST)

Priorités

Davantage d’informations Filtre, Spécialistes ...

Priorités de classification
Filtre	Spécialistes	Généralistes
Aucun (=non précisé)	—	GBIF > ?
Algue	AlgaeBase > WoRMS	GBIF > COL > ITIS
Animal (par défaut)	—	GBIF > COL > ITIS > WoRMS
Animal / Arachnide	World Spider Catalog	GBIF > COL > ITIS
Animal / Crustacé (filtre inexistant)	WoRMS	GBIF > ITIS
Animal / Échinoderme (filtre inexistant)	WoRMS	GBIF > ITIS
Animal / Mammifère	Hesperomys	GBIF > COL > ITIS
Animal / Mollusque (filtre inexistant)	WoRMS	GBIF > ITIS
Animal / Poisson	WoRMS (actuellement non spécialiste, à corriger)	GBIF > COL > ITIS
Animal / Reptile	Reptile Database	GBIF > COL > ITIS
Bactérie / Archaea	LPSN	GBIF > COL > ITIS
Champignon	Index Fungorum (= MycoBank)	GBIF > COL > ITIS
Protiste	—	IRMNG > GBIF > COL > WoRMS > ITIS
Végétal	POWO	GBIF > COL > ITIS
Virus	ICTV	—

Fermer

Notes :

Ne sont pas disponibles : COI (oiseaux), ASW (amphibiens), Species File (certains insectes), ADW (certains animaux), etc. On peut attendre qu'ils soient disponibles (s'ils le sont un jour) avant de s'en soucier. LD (d) 27 août 2026 à 22:19 (CEST)

#50 - audit backbone GBIF et CoL XR

Audit : « Autre sujet : pourquoi continuer de différencier les classifications GBIF et CoL ? Pour ce qui est de la taxinomie, GBIF n'est plus qu'un site miroir de CoL. La valeur ajoutée de GBIF est dans les photographies et la carte des occurrences (et même là CoL la reprend aussi) donc il est toujours pertinent d'ajouter un lien externe, mais ça ne l'est plus de l'utiliser comme classification àmha. » (@74laprune)
Objectif : backbone GBIF comprend ~40 sources dont COL, différent de CoL XR. CoL XR est une base forgée par GBIF et COL. Vérifier sur un échantillon de données les divergences (auteur, classification).
- Test 1: ~30 taxons
- Test 2: périmètre restreint aux groupes en révision active
LD (d) 4 septembre 2026 à 13:39 (CEST)

Taxons testés (primates, cétacés, mollusques, cnidaires, algues, archées, plantes, champignons, oiseaux, bactéries, coraux, passereaux, dendrobatidés, reptiles, tortues)

liste de 97 taxons différents testés

Homo sapiens, Panthera leo, Canis lupus, Felis catus, Apis mellifera, Gallus gallus, Corvus corax, Salmo salar, Quercus robur, Vulpes vulpes, Larus argentatus, Aloe vera, Puma concolor, Chelonia mydas, Turdus migratorius, Passer domesticus, Anolis carolinensis, Rana temporaria, Octopus vulgaris, Carcharodon carcharias, Amanita muscaria, Agaricus bisporus, Boletus edulis, Cantharellus cibarius, Chrysanthemum indicum, Aster amellus, Dendrobium nobile, Sequoia sempervirens, Vanessa atalanta, Papilio machaon, Clostridioides difficile, Limosilactobacillus reuteri, Lactobacillus acidophilus, Orbicella faveolata, Montastraea cavernosa, Setophaga petechia, Cardellina canadensis, Oophaga pumilio, Ranitomeya imitator, Dendrobates auratus, Symphyotrichum novae-angliae, Eurybia divaricata, Doellingeria umbellata, Aster amellus, Cantharellus californicus, Cantharellus cibarius, Xerocomellus chrysenteron, Boletus edulis, Sanghuangporus sanghuang, Inonotus hispidus, Macrovipera lebetina, Vipera berus, Chelonoidis nigra, Podarcis muralis, Corvus cornix, Panthera tigris, Peromyscus leucopus, Mus musculus, Microcebus murinus, Cheirogaleus medius, Berardius bairdii, Berardius minimus, Sebastes marinus, Danio rerio, Formica rufa, Bombus terrestris, Drosophila melanogaster, Colias croceus, Latrodectus mactans, Helix pomatia, Cepaea nemoralis, Lissachatina fulica, Achatina fulica, Aurelia aurita, Aurelia coerulea, Saccharina latissima, Ulva lactuca, Plasmodium falciparum, Toxoplasma gondii, Saccharolobus solfataricus, Sulfolobus acidocaldarius, Hylotelephium spectabile, Sedum acre, Senecio vulgaris, Jacobaea vulgaris, Actaea racemosa, Chamerion angustifolium, Epilobium hirsutum, Psilocybe cubensis, Ganoderma lingzhi, Ganoderma lucidum, Ophiocordyceps sinensis, Cordyceps militaris, Acropora cervicornis, Bitis gabonica, Daboia russelii, Larus michahellis, Empidonax traillii, Zosterops borbonicus, Zosterops mauritianus

3 témoins : Aster amellus, Cantharellus cibarius et Boletus edulis (entre 2 & 3)

Tests :

Test 1 (30) — nom, auteur, règne, statut : 0% de divergence. Ordre : 13% (dont 2 lacunes de données GBIF, 2 vrais désaccords).
- 2 cas de lacune de données GBIF, pas de désaccord taxonomique : ordre simplement absent côté backbone GBIF pour Chelonia mydas et Anolis carolinensis (Testudines/Squamata non renseignés), alors que CoL XR le porte.
- 2 cas de désaccord réel : Anolis carolinensis — famille Dactyloidae (GBIF) vs Anolidae (CoL XR) ; Sequoia sempervirens — ordre Pinales (GBIF) vs Cupressales (CoL XR). Deux placements activement débattus, pas des artefacts.
Test 2 (26) — nom/statut : 0% divergence sur les taxons résolus des deux côtés, mais 12% des taxons échouent à résoudre identiquement : GBIF absent (Clostridioides difficile, renommage 2016), nom accepté différent (Macrovipera lebetina vs lebetinus), statut historique non mis à jour (Chelonoidis nigra, divisé en CoL XR, encore regroupé côté GBIF). Plus un désaccord structurel de règne pour tout le domaine bactérien (Bacteria vs Bacillati).
Test 3 : Sur les 95 taxons résolus des deux côtés : nom accepté 0% divergence, statut 2%, règne 5%, famille 2%, ordre 17%.
- Clostridioides difficile (absent du backbone GBIF, présent CoL XR — renommage 2016 non rattrapé) ; Macrovipera lebetina (désaccord de nom : lebetina GBIF vs lebetinus CoL) ; Chelonoidis nigra (séparé en CoL XR, encore "synonyme" chez GBIF).
- Mus musculus et Plasmodium falciparum sont introuvables par la recherche type=EXACT de ChecklistBank parce que CoL XR indexe leur nom accepté avec sous-genre : Mus (Mus) musculus, Plasmodium (Laverania) falciparum)
  - le filtre binomial strict de col_xr est en cause : à corriger
  - Règne (5%) : uniquement des reclassements de haut rang réels et systémiques — Bacteria → Bacillati (Lactobacillus acidophilus, Limosilactobacillus reuteri), Archaea → Thermoproteati (Sulfolobus acidocaldarius, Saccharolobus solfataricus) ; Chromista vs Eukaryota possible pour Toxoplasma gondii (débat Apicomplexa mais hors périmètre). Néanmoins, une erreur (?) avec un Chiroptera. Hypothèse : erreur d'importation, Toxoplasma gondii doit être un hôte-parasite de chauves-souris. A signaler à COLXR.
Test 4 : vérification de FP parmi les résultats (vu VBKRN)
Test 5 : réalisé sur 1 070 taxons. 2 cas de "fiche corrompue" (Toxoplasma gondii : TFKPV/VBKRN, Escherichia coli : CS33N/VB8KH/NT3L7). Environ 0,24% d'articles dédiés sur frwiki dans l'échantillon.
Test 6 : à partir de 420 taxons existants sur frwiki. 1 nom binomial possède deux fiches taxonomiques concurrentes marquées « accepted » dans le jeu de données 3LXR de ChecklistBank. Cas Escherichia coli ci-dessus.

Je suis trop paresseux pour détailler l'ensemble des tests. Je vais néanmoins faire un ensemble de correctifs (sous-tâches) avant de revenir sur la principale question (faut-il regrouper GBIF et COL ?). LD (d) 4 septembre 2026 à 15:26 (CEST)

Notes :

"trou" dans BlackBone de GBIF, quasi exclusivement lié à des reptiles non-aviens (Testudines, Squamata, Crocodylia, Sphenodontia), en particulier sur 'order'. Ex. Chelonia mydas / Anolis carolinensis / Podarcis muralis.
"désuétude" manifeste des fiches du BlackBone GBIF sur les archées/bactéries.
les cas COL XR (Anolis, Sequoia, Chelonoidis) : à examiner (sous-tâches, ex. type=exact) avant de poursuivre #49

LD (d) 4 septembre 2026 à 15:32 (CEST)

LD : je ne sais pas où tu as récupéré les données de gbif, mais visiblement sur l'ancienne version, invisible sur l'interface, puisque, pour ne prendre que trois exemples, contrairement à ce qui est écrit ci-dessus : Sequoia sempervirens est bien placé dans les Cupressales par GBIF et CoL, Anolis carolinensis dans les Anolidae par GBIF et CoL et Macrovipera lebetinus a le même nom dans GBIF et CoL. Ce n'est pas GBIF backbone qu'il faut regarder, puisque visiblement l'interface du site n'affiche plus que la copie exacte du CoL. 74laprune (discuter) 5 septembre 2026 à 11:44 (CEST)

74laprune : c'est un problème de « mise à jour » du côté de GBIF. Les liens que tu donnes (ex. ) pointent vers les nouvelles pages taxon de gbif.org, à identifiants alphanumériques, qui affichent bien la classification CoL XR — car GBIF a basculé son site sur cette base en 2024. Mais Organon lui, ne peut qu'interroger directement l'API de GBIF (api.gbif.org/v1/species) qui est restreinte au dataset "Backbone Taxonomy" à identifiants entiers (d7dddbf4-2cf0-4f39-9b2a-bb099caae36c), qui n'a pas été mis à jour en même temps que le site.

Sur cet identifiant précis (d7dddbf4 ...), on a touours Sequoia sempervirens, order=Pinales — exactement la valeur relevée dans le test. Le site n'affiche pas les données qu'il renvoie « aux développeurs ».

De fait, j'ai lancé ces séries de test (comparer GBIF Backbone et GBIF CO XR) pour évaluer les solutions que je peux apporter. La plus drastique, que j'ai évacuée, était de retirer GBIF (mais j'aime bien l'autocomplétion, les listes et aussi le fait qu'il permette de « faire un pont » avec d'autres modules pour plus facilement retrouver un taxon, ce que COL ne permet pas).

J'ai déjà corrigé pas mal de choses en chemin mais ce n'est pas encore achevé. En tout cas, il sera impossible de ne regarder que ce qui est affiché sur GBIF (c'est très coûteux de "consulter" un site de taxonomie, par e.: il y a plusieurs requêtes à faire sur les synonymes, ce qui est problématique avec un taxon qui possède plus de 10 sous-taxons, ou de manière récursive plus de 100 requêtes à traiter). LD (d) 5 septembre 2026 à 12:14 (CEST)