Son père EkkehardIer a été l'un des princes les plus influents à la cour de l'empereur OttonIII et l'un des candidats à l'élection en tant que roi des Romains en 1002. Néanmoins, le duc HenriIV de Bavière est élu (en tant que HenriII) et le margrave a été assassiné peu tard. Son frère cadet Gunzelin lui succède en Misnie, lorsque les fils d'Ekkehard, HermannIer et EkkehardII ont dû d'abord se limiter à leurs biens propres. Finalement, en 1009, Gunzelin est déposé par le roi HenriII et son neveu Hermann est nommé margrave.
La domination polonaise n'avait cessé qu'en 1031, en deux campagnes militaires menées par l’empereur ConradII le Salique qui lui permettent de reprendre les territoires de MieszkoII de Pologne. L'année suivante, le comte Thierry fut nommé margrave de Lusace, le premier de la maison de Wettin. Le margrave Thierry de Lusace avait joué un rôle essentiel dans la reconquête de la Lusace; il avait épousé Matilda, sœur d'EkkehardII. Néanmoins, il a été tué par les partisans de son beau-frère le et EkkehardII assume l'administration de la marche de Lusace pour le compte de son neveu DedoII de Wettin.
En 1038, il succède à son frère HermannIer en tant que margrave de Misnie. Chargé de garder les frontières de l'est du Saint-Empire par le nouveau roi HenriIII, il est souvent mis à contribution par le souverain, notamment du fait de la menace représentée par les ambitions du duc BretislavIer de Bohême. Allié avec le roi Pierre de Hongrie qui lançait des attaques contre la marche d'Autriche, le duc fait des annexions considérable en Pologne jusqu'à ce que le roi HenriIII s'alarme de sa puissance. Conjointement avec l'archevêque Bardo de Mayence, le margrave EkkehardII prend part aux deux campagnes de 1040 et 1041 qu'HenriIII doit entreprendre en Bohême et au cours desquelles il est un des plus loyaux alliés du roi. La première expédition, repoussée le à Chlumec, demeure sans effet, mais la seconde oblige le prince tchèque à demander la paix, à renoncer à une partie de ses conquêtes et à reconnaître officiellement la suzeraineté de l'Empire.
Ekkehard demeure ensuite le conseiller écouté d'HenriIII jusqu'à sa mort durant l'épidémie de 1046 qui frappe la Saxe. Il est sans descendance de son union avec Ute de Ballenstedt et il lègue sa puissante marche de Misnie et son titre au roi, qui investit du margraviat GuillaumeIV de Weimar, comte d'Orlamünde. La marche de Lusace échoit à son neveu DedoII de Wettin.
Héritage et patrimoine
Le chœur de la cathédrale avec les statues d'EkkehardII et Uta.
